我想创建一个bash脚本,它将根据文件类型循环一组文件,然后用文件名创建一个目录,然后通过javascript运行该文件,将它输出到创建的目录中。Unix Bash脚本运行但没有输出
#!/bin/bash
FILES=/home/ndevon/BRAD/Original_Files/*60_R1.fastq.gz
for f in $FILES
do
echo mkdir $f
echo nohup /home/pszoevenyi/executables/FastQC/./fastqc [-t 2] [-o $f] [-
f fastq] $f &
done
但是,当我运行这一切似乎工作正常,但没有输出。我使用ps x检查了活动作业,它告诉我队列中有一个-bash命令类型,但它有一个Ss状态。我对unix和bash非常陌生,实际上我今天就开始了,但我无法弄清楚为什么这样做不起作用。
谢谢
无论如何,至少应该看到'mkdir/home/ndevon/BRAD/Original_Files/* 60_R1.fastq.gz',你应该得到一些输出......请用你看到的更新你的问题,以及你如何运行它。我可以看到一些问题:你正在尝试对文件名进行mkdir等。如果你的文件名包含空格,这也会有问题,但我会假设你没有。 – blackghost
是的,你应该看到输出。但是我看到另一个问题:您将尝试创建一个与现有文件名称相同的目录 - 这是行不通的。 – linuxfan
你说过活跃的工作吗?你的意思是背景工作,在工作或cron工作? – alvits