通过python的subprocess.Popen（）提交一个LSF脚本，而不使用shell = True

预警，问题可能更多地是由于缺少对bsub命令和登录shell的了解而不是python的Popen()。通过python的subprocess.Popen（）提交一个LSF脚本，而不使用shell = True

我试图使用subprocess.Popen()

pipe = subprocess.Popen(shlex.split("bsub < script.lsf"), 
         stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

这似乎是一个子进程正常启动和命令执行的python脚本内提交LSF脚本，但我从BSUB得到一个错误的stderr命令显示“空白作业，作业未提交”。

我担心它与启动登录shell的子进程有关，因此我试图在Popen命令中使用shell=True来缓解该问题。

pipe = subprocess.Popen("bsub < script.lsf", shell=True, 
         stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

这成功地按预期提交工作。所以我的问题是如何在不使用shell=True的情况下提交此作业？

我使用一些bsub options如

pipe = subprocess.Popen(shlex.split("bsub -L /bin/sh < script.lsf"), 
         stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

用相同的尝试 “空工作。工作没有提交。”错误返回。我觉得这与我正在寻找的内容非常接近，但我并不完全了解“登录shell的名称（必须指定绝对路径”），或许我在使用的系统上不是/bin/sh。有没有办法打印这条路径？

来源

2017-07-16 Novice C

顺便说一下，我认为'shlex.split（）'在这里是非常糟糕的做法。当然，'''yourcommand'，'-f'，filename]'会处理每一个可能的文件名，'shlex.split'（'yourcommand -f％s'％文件名）'不会（对于* some *命令，其中额外的参数将被解析为代码，仍然可以允许注入攻击）。 –

如果我正在关注，你会说用户在某种程度上使'filename =“文件的execute_bad_code”'，那里的第二个命令“execute_bad_code”是一个注入攻击。因此，在'shlex.split（'yourcommand -f％s'％'文件execute_bad_code“）vs'['yourcommand'，'-f'，'file execute_bad_code']'，'shlex.split（）'运行攻击，而你的方法会抛出错误，阻止攻击？ –

好吧，没有那么多“抛出一个错误”（本身），因为“传递一个无效的文件名给'yourcommand'，而'yourcommand'负责将错误视为错误” - 但是这比传递一个单独的更好参数'execute_bad_code'到'yourcommand'，它可能实际上读作一个有效的参数，然后执行所需的操作。例如，如果你的命令是'sed'，如果你注入一个'-e'后跟另一个参数，那么这个其他的参数将被解析为代码。 –

<和>不是你的命令的参数（在这种情况下是bsub），而是在shell启动命令前分别指向stdin或stdout的指令。

因此，适当的更换是指定此重定向与单独的参数Popen：

pipe = subprocess.Popen(['bsub', '-L', '/bin/sh'], 
         stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, 
         stdin=open('script.lsf', 'r'))

来源

2017-07-17 02:14:36

通过python的subprocess.Popen（）提交一个LSF脚本，而不使用shell = True

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