用perl变量执行系统

Question

我想在perl脚本中执行一个bash命令。我知道如何做到这一点，但是，当我尝试将命令保存在一个变量中，然后执行它...我有问题。

这是我工作的Perl脚本内完美：

system("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP"); 

这不是工作，我想知道为什么，以及如何解决...：

my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP"; 
print "$cmd\n"; # Prints the correct command BUT... 
system($cmd); 

ERROR：

open: No such file or directory 

任何帮助，将不胜感激，谢谢！

Answer 1

您在后面的代码段中有注射错误。因此，我的意思是，当你建立你的shell命令时，你忘了将$file的值转换成一个产生值$file的shell文字。这真是一口，所以我会在下面说明这意味着什么。

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说$file包含a b.txt。

my @cmd = ("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP"); 
system(@cmd); 

相当于

system("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP"); 

此执行samtools，并通过了三根弦sort，a b.txt和01_sorted.SNP把它作为参数。

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my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP"; 
system($cmd); 

相当于

system("samtools sort a b.txt 01_sorted.SNP"); 

此执行壳，传递字符串作为要执行的命令。

反过来，外壳将执行samtools，经过串sort，a，b.txt和01_sorted.SNP把它作为参数。

samtools无法找到文件a，所以它给出了一个错误。

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如果您需要构建shell命令，请使用String::ShellQuote。

use String::ShellQuote qw(shell_quote); 
my $cmd = shell_quote("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP"); 
system($cmd); 

相当于

system("samtools sort 'a b.txt' 01_sorted.SNP"); 

此执行壳，传递字符串作为要执行的命令。

接着，shell将执行samtools，将三个字符串sort，a b.txt和01_sorted.SNP作为参数传递给它。

Answer 2

错误open: No such file or directory看起来不像Perl打印的错误，因为system不会为您输出任何错误。这可能是由samtools打印的，因此请检查您的文件名为$file和01_sorted.SNP是否正确，并且存在文件。另外，如果$file包含空格，请在命令行中将其名称放在引号中。或者，更好的是，根据评论中的建议使用system(@args)。

如果你没有想法，使用strace运行脚本：

strace -f -o strace.log perl yourscript.pl 

，并检查strace.log看到这open称之为失败。