的Linux - 操纵两个文本文件

-1

文件-1：

Class Pos Ref Alt Raw_score Actual_Score 
1  50203 Y  E  -0.00254  3.298 
5  6357 G  V  1.358  10.685 
2  87521 A  H  0.6587  6.3354

文件-2：

Class Pos Ref Alt  Info 
5  6357 G  V  ACT/wo%%$2.25;56842;ALT 
11  25684 H  A  GEP/hq#$..25;69875;Trans 
3  258 G  L  KPD/ng?~88q68;8954;Inter

如果initial four columns的File-1与File-2的initial four columns匹配，然后将文字Raw_score和Actual_score及其values在匹配线的末端，分离与;标志，如：

输出：

5  6357 G  V  ACT/wo%%$2.25;56842;ALT;Raw_score=1.358;Actual_score=10.685

来源

2016-02-28 M.sh

你可能想要阅读'join'，还有'awk'和'sort'。 –

可能重复的[加入多个字段使用Unix加入]（http://stackoverflow.com/questions/2619562/joining-multiple-fields-using-unix-join） – tripleee

Yups，但加入模式在我的情况是不同的。 –

$ awk '{k=$1FS$2FS$3FS$4}NR==FNR{if(NR>1)a[k]=";"b"="$5";"c"="$6;else{a[k]="";b=$5;c=$6}next}k in a{print $0a[k]}' file1 file2 
Class Pos Ref Alt  Info 
5  6357 G  V  ACT/wo%%$2.25;56842;ALT;Raw_score=1.358;Actual_Score=10.685

如果你不明白，那么脚本读的书有效AWK编程，第4版，由Arnold Robbins撰写并修改脚本以包含空白字符，换行符，缩进，有意义的变量名等，以使其更清晰 - 这样做可以帮助您学习该语言。

来源

2016-02-28 16:19:08

的Linux - 操纵两个文本文件

回答

相关问题