runjags模型中未​​使用的变量警告

Question

我通过R包runjags运行JAGS模型。我刚从JAGS 3.4更新到JAGS 4.0.0，并且注意到一些似乎与更新有关的意外行为。

首先，当我运行一个模型时，我现在会收到一条警告消息WARNING: Unused variable(s) in data table:，随后是在模型中引用并作为数据提供的数据对象列表。它似乎没有影响结果（但它非常令人费解）。然而，我在玩这个游戏时已经注意到了几次，对于一些变量，后辈几乎与前辈相同（表示没有更新发生）。我似乎无法立即重新创建更新失败，但下面是一个可重现的代码示例，说明奇怪的警告消息。 run.jags帮助页面上的代码示例也会产生相同的警告。

其次，我认为我会检查，看看是否同样的消息弹出，如果我使用R包R2jags代替runjags，但R2jags不会加载，因为显然rjags（依赖项之一）不兼容JAGS 4.0（它正在寻找JAGS 3.X）。另外，在runjags函数run.jags中，参数method="rjags"似乎不再起作用，但method="parallel"确实有效。

我正在使用runjags_2.0.1-4和R 3.2.2。

所以我的问题是：

1）是rjags与JAGS 4.0不兼容真的？进入4.0的动机是使用矢量作为索引（参见https://martynplummer.wordpress.com/2015/08/16/whats-new-in-jags-4-0-0-part-34-r-style-features/）。

2）什么是未使用的变量警告，我应该关心它吗？

感谢， 格伦

代码：

#--- GENERATE DATA ------------------------ 
rm(list=ls()) 
# Number of sites and observations per site 
N <- 200 
nobs <- 3 
# generate covariates and standardize (where appropriate) 
set.seed(123) 
forest <- rnorm(N) 
# relationship between occupancy and covariates 
b0 <- 0.5 
b.for <- 0.5 
psi <- plogis(b0 + b.for*forest) 
# draw occupancy for each site 
z <- rbinom(n=N, size=1,prob=psi) 
# specify detection probablility 
p <- 0.5 
pz <- p*z 
# generate the observations 
Y <- rbinom(n=N, size=nobs,prob=pz) 
#---- BUGS model ------------------------ 
model1 <- "model { 
for (i in 1:N){ 
    logit(eta[i]) <- b0 + b.for*forest[i] 
    z[i] ~ dbern(eta[i]) 
    pz[i] <- z[i]*p 
    y[i] ~ dbin(pz[i],nobs) 
} #i 
b0.0 ~ dunif(0,1) 
b0 <- log(b0.0/(1-b0.0)) 
b.for ~ dnorm(0,0.01) 
p ~ dunif(0,1) 
}" 
occ.data1 <-list(y=Y,N=N,nobs=nobs,forest=forest) 
inits1 <- function(){list(b0.0=runif(1),b.for=rnorm(1),p=runif(1),z=as.numeric(Y>0))} 
parameters1 <- c("b0","b.for","p") 
#---- RUN MODEL ------------------------ 
library(runjags) 
ni <- 2000 
nt <- 1 
nb <- 1000 
nc <- 3 
ad <- 100 
out <- run.jags(model=model1,data=occ.data1,monitor=parameters1,n.chains=nc,inits=inits1,burnin=nb, 
    sample=ni,adapt=ad,thin=nt,modules=c("glm","dic"),method="parallel") 

Answer 1

回答您的问题：

1）rjags和JAGS使用链接的（非互换）版本，并且还在使用CRAN系统JAGS_3.4.0所以CRAN上的rjags版本匹配。这将很快更新，同时你可以从@forum注释中获取sourceforge页面正确版本的rjags。

2）这是一条来自JAGS/rjags的有用消息，告诉您已指定某些模型未使用的数据。请记住，变量名是即

library('runjags') 
model <- "model { 
    m ~ dunif(-1000,1000) 
    #data# M 
    #inits# m 
    #monitor# m 
}" 
M <- 0 
m <- list(-10, 10) 

results <- run.jags(model, method="interruptible", n.chains=2) 
results <- run.jags(model, method="rjags", n.chains=2) 

...给你一个警告，因为M不匹配M箱敏感。还要注意，这个警告看起来与两个函数调用有点不同 - 首先它来自JAGS输出的一半，然后在函数完成之后，它在R中作为警告。

至于'我应该担心' - 是的，如果你认为这些变量应该在你的模型中。如果您找不到问题，请尝试发布您正在使用的代码 - 它会从原始帖子中删除。

马特