从python运行终端程序

Question

我想运行一个python程序，该程序与终端进行交互以运行另一个程序，并在继续前等待它完成。我曾尝试过：

os.system('intersectBed -a Mutations.bed -b Promoters.bed -wb >Mutations.in.Promoters.bed') 

subprocess.call('intersectBed -a Mutations.bed -b Promoters.bed -wb >Mutations.in.Promoters.bed', shell=True) 

既没有按照我希望的方式运行，有没有办法做到这一点？

intersectBed是我希望运行的程序。如果我使用

with open('Mutations.in.Promoters.bed','w') as f: 
subprocess.call(['intersectBed','-a','Mutations.bed','-b','Promoters.bed', '-wb'], stdout=f) 

它给出了一个错误，即没有这样的文件或目录存在。但是，如果我把这个命令放入终端，它就能完美地工作。 intersectBed位于/ bin文件夹中。这有什么区别吗？

编辑*

with open('Mutations.in.Promoters.bed','w') as f: 
subprocess.call(['/usr/local/bin/intersectBed','-a','Mutations.bed','-b','Promoters.bed', '-wb'], stdout=f) 

这个工作

Answer 1

试试这个：

with open('Mutations.in.Promoters.bed', 'w') as f: 
    subprocess.call(['intersectBed', '-a', 'Mutations.bed', '-b', 'Promoters.bed', '-wb'], stdout=f) 

参考的subprocess的documentation，应避免使用shell=True。