R：使用创建函数dplyr功能

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生存时间
聚合因子
事件指示器（死：是或否）

我想计算每个组的发病率。我每天都这样做，所以拥有一个这样的函数而不是一个长脚本会很棒。

我试过以下，但不起作用。

library(survival) 
data(lung) # example data 
lung$death <- ifelse(lung$status==1, 0, 1) # event indicator: 0 = survived; 1 = dead. 

# Function 
func <- function(data_frame, group, survival_time, event) { 
    library(epitools) 
    table <- data_frame %>% 
      filter_(!is.na(.$group)) %>% 
      group_by_(.$group) %>% 
      summarise_(pt = round(sum(as.numeric(.$survival_time)/365.25)), 
        events = sum(.$event)) %>% 
      do(pois.exact(.$events, pt = .$pt/1000, conf.level = 0.95)) %>% 
      ungroup() %>% 
      transmute_(Category = c(levels(as.factor(.$group))), 
        Events = x, 
        Person_years = pt*1000, 
        Incidence_Rate = paste(format(round(rate, 2), nsmall=2), " (", 
             format(round(lower, 2), nsmall=2), " to ", 
             format(round(upper, 2), nsmall=2), ")", 
             sep="")) 
    return(table) 
} 

func(lung, sex, time, death) 

**Error: incorrect length (0), expecting: 228 In addition: Warning message: 
In is.na(.$group) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'**

任何想法？我已经阅读了有关dplyr中NSE和SE的文章，但是我认为我正确应用了这些建议？

来源

2016-02-29 Adam Robinsson

'$ group'会寻找' “组”'代替你传递作为'group'变种的一部分。尝试'。[[group]]'（我怀疑这仍然不是在dplyr中执行SE的正确方法，但它至少可以工作）。还有一件小事：你可能不想使用'data_frame'作为var，因为这是dplyr函数的名字。 – Frank

感谢您的建议@Frank。虽然没有工作。有点小把戏，这整个SE的东西.. =） –

你真的读过'help（“nse”）'？你的代码看起来不像那样。你似乎只是使用'。$'和'_'（SE）函数。 –

下面是解

data_frame = lung 
group = "sex" 
survival_time = "time" 
event = "death" 
data_frame %>% 
    filter_(paste("!is.na(", group, ")")) %>% 
    group_by_(group) %>% 
    summarise_(
    pt = paste("round(sum(as.numeric(", survival_time, ")/365.25))"), 
    events = paste("sum(", event, ")") 
)

来源

2016-02-29 21:16:48 Thierry

我认为“惯用”的方式是使用'lazyeval :: interp'而不是粘贴字符串 –

从那里得到它，谢谢！ –

R：使用创建函数dplyr功能

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