一起加入两个文件（AWK）

我有一个问题。我想将两个文件合并在一起。其中：一起加入两个文件（AWK）

文件1：

chr**1 10000** rs200132 A C 100.000 
chr**2 20000** rs5000 C G 80.000

文件2：

rs200132 **1:10000** A 800 200 Nmf 
rs210111 **1:10000** G 200 800 VFC 
rs310000 **1:10000** C 100 500 tff 
rs50001 **2:20000** T 500 100 jpp 
rs60000 **2:20000** A 1000 10 jkl

输出：

chr**1 10000** rs200132 A A C 800 200 Nmf 
chr**1 10000** rs210111 G A C 200 800 VFC 
chr**1 10000** rs310000 C A C 100 500 tff 
chr**2 20000** rs50001 T C G 500 100 jpp 
chr**2 20000** rs60000 A C G 1000 10 jkl

比，从第一个文件ar e在“chr”之后的标记号码和第二栏中的数字。第二个文件中有相同的标记，但在第二列中有1：10000。我想加入这两个文件，但对于第一个文件将会有更多的连接行（fe：从第一个文件开始的第一行将是从第二个文件开始的三个行）。谢谢

来源

2014-02-25 Vonton

你尝试过这么远吗？ StackOverflow用户很乐意提供帮助，但做功课可能会更困难:) –

星星是真实文件数据的一部分吗？ – Borodin

没有星星不是真正的文件数据.. – Vonton

您可以使用这awk，

awk 'NR==FNR{a[$2]=$1;b[$2]=$4" "$5;next} {sub(/.*:/,"",$2); $3=$1" "$3" "b[$2]; $1=a[$2];}1' file1 file2

测试：

sat:~# awk 'NR==FNR{a[$2]=$1;b[$2]=$4" "$5;next} {sub(/.*:/,"",$2); $3=$1" "$3" "b[$2]; $1=a[$2];}1' file1 file2 
chr**1 10000** rs200132 A A C 800 200 Nmf 
chr**1 10000** rs210111 G A C 200 800 VFC 
chr**1 10000** rs310000 C A C 100 500 tff 
chr**2 20000** rs50001 T C G 500 100 jpp 
chr**2 20000** rs60000 A C G 1000 10 jkl

来源

2014-02-25 13:25:28 sat

perl -lane' 
    BEGIN{ $x=pop; %h = map{ $_->[1] => $_ } map [split], <>; @ARGV=$x } 
    $F[1] =~ s/.+?://; 
    $t = $h{$F[1]}; 
    print join " ", @$t[0,1], @F[0,2], @$t[3,4], @F[3..5]; 
' file1 file2

输出

chr**1 10000** rs200132 A A C 800 200 Nmf 
chr**1 10000** rs210111 G A C 200 800 VFC 
chr**1 10000** rs310000 C A C 100 500 tff 
chr**2 20000** rs50001 T C G 500 100 jpp 
chr**2 20000** rs60000 A C G 1000 10 jkl

来源

2014-02-25 13:42:26

@JS웃'％h'是数组的散列，其中键是file1的第二列。你可以用'使用Data :: Dumper来检查它;打印翻斗车\％h'。如果你想学习perl，那么很少有值得阅读的书，尽管它们并没有专注于命令行的使用。 –

@JS웃[有效的Perl编程]（http://en.wikipedia.org/wiki/Effective_Perl_Programming）我会说这是关于惯用/禅宗perl（也有第二版的书，但没有机会看看它） –

下面是使用Perl另一种方式：

perl -lane ' 
    if (@ARGV) { 
     ($x = $F[0]) =~ s/[^\d]*//; 
     $h{$x}{$F[1]} = [ @F[0,1,3,4] ] 
    } 
    else { 
     @t = split(":", $F[1]); 
     $r = $h{$t[0]}{$t[1]}; 
     print join(" ", @$r[0,1], @F[0,2], @$r[2,3], @F[3..5]) 
    } 
' file1 file2 | column -t

结果：

chr1 10000 rs200132 A A C 800 200 Nmf 
chr1 10000 rs210111 G A C 200 800 VFC 
chr1 10000 rs310000 C A C 100 500 tff 
chr2 20000 rs50001 T C G 500 100 jpp 
chr2 20000 rs60000 A C G 1000 10 jkl

来源

2014-02-26 00:39:29 Steve

一起加入两个文件（AWK）

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