有没有办法从hclust中获得“子树”？ （R）

Question

我希望从hclust对象创建一个“子树”。

例如，假设我有以下对象：

a <- list() # initialize empty object 
a$merge <- matrix(c(-1, -2, 
        -3, -4, 
        1, 2, 
      -5,-6, 
      3,4), nc=2, byrow=TRUE) 
a$height <- c(1, 1.5, 3,4,4.5) # define merge heights 
a$order <- 1:6    # order of leaves(trivial if hand-entered) 
a$labels <- 1:6# LETTERS[1:4] # labels of leaves 
class(a) <- "hclust"  # make it an hclust object 
plot(a)      # look at the result 

现在，我想从它的提取物下面的子树：

a <- list() # initialize empty object 
a$merge <- matrix(c(-1, -2, 
        -3, -4, 
        1, 2 
       ), nc=2, byrow=TRUE) 
a$height <- c(1, 1.5, 3) # define merge heights 
a$order <- 1:4    # order of leaves(trivial if hand-entered) 
a$labels <- 1:4# LETTERS[1:4] # labels of leaves 
class(a) <- "hclust"  # make it an hclust object 
plot(a)      # look at the result 

我怎么能访问它？

（我知道cutree可以让我的子树的对象，而不是创建一个实际hclust对象）的任何帮助

感谢，

塔尔

Answer 1

不知道这是什么你要找的，但你可以

a <- as.dendrogram(a) 
branch1 <- a[[1]] 
branch2 <- a[[2]] 

par(mfrow=c(1,3)) 
plot(a) 
plot(branch1) 
plot(branch2) 

Answer 2

如果你有距离矩阵，那么你可能会做同样的事情到这一点：

subtree <- function(d, idx) { 
    hclust(dist(d[idx, idx])) 
} 
d <- matrix(rnorm(50 * 50), 50) 
s <- subtree(d, sample(1:50, 20)) 
plot(s)