如何在R中创建一个类似散点图，如盒形图？

Question

有谁知道如何在R创建散点图中PRISM的的GraphPad营造出宛如these图：

我试着用箱线图，但他们不显示数据我想要的方式。 Graphpad可以生成的这些列散点图显示数据对我来说更好。

任何建议，将不胜感激。

Answer 1

正如@smillig提到的，您可以使用此实现GGPLOT2。下面的代码重现了你非常好的情节 - 警告它非常棘手。首先加载GGPLOT2包，并产生了一些数据：

library(ggplot2) 
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A")) 

下更改默认的主题：

theme_set(theme_bw()) 

现在我们所建立的情节。

1. 构造一个基本对象 - 没有被绘制：

   g = ggplot(dd, aes(type, values)) 
   

2. 添加上的点：

   g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1)) 
   

3. 添加于：根据类型调整默认抖动和变化字形“盒子”：计算盒子的结束位置。在这种情况下，我选择了平均值。如果你不想要这个盒子，只需要省略这一步。

   g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
        geom="bar", fill="white", colour="black") 
   

4. 添加上一些误差条：计算所述上/下限和调节的条宽：

   g = g + stat_summary(
        fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
        fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i), 
        geom="errorbar", width=0.2) 
   

5. 显示的情节

   g 
   

1. 在我上面的R代码中，我使用stat_summary来计算实时需要的值。您也可以创建单独的数据帧并使用geom_errorbar和geom_bar。
2. 要使用base R，看看我对这个question的回答。

Answer 2

如果你不介意使用ggplot2包，有一个简单的方法，使类似的图形与geom_boxplot和geom_jitter。使用mtcars示例数据：

library(ggplot2) 
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw() 

产生如下图：

的文档可以在这里看到：http://had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html