HeatMap无法正确显示使用ggplot（）

Question

我有一个奇怪的情况，当我试图绘制我可以找到的数据集上的热图here。

我使用下面的代码绘制热图：

xaxis<-c('density') 
midrange<-range(red[,xaxis]) 
xaxis <- c(xaxis,'quality') 
molten<-melt(red[,xaxis],'quality') 

p <- ggplot(molten, aes(x = value, y = quality)) 
p <- p + geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") 
p <- p + theme_minimal() 

# turn y-axis text 90 degrees (optional, saves space) 
p <- p + theme(axis.text.y = element_text(angle = 90, hjust = 0.5)) 

# remove axis titles, tick marks, and grid 
p <- p + theme(axis.title = element_blank()) 
p <- p + theme(axis.ticks = element_blank()) 
p <- p + theme(panel.grid = element_blank()) 

p <- p + scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) 
# optionally remove row labels (not useful depending on molten) 
p <- p + theme(axis.text.x = element_blank()) 

# get diverging color scale from colorbrewer 
# #008837 is green, #7b3294 is purple 
palette <- c("#008837", "#b7f7f4", "#b7f7f4", "#7b3294") 


if(midrange[1] == midrange[2]) { 
    # use a 3 color gradient instead 
    p <- p + scale_fill_gradient2(low = palette[1], mid = palette[2], high = palette[4], midpoint = midrange[1]) + 
    xlim(midrange[1],midrange[2]) 
}else{ 
    # use a 4 color gradient (with a swath of white in the middle) 
    p <- p + scale_fill_gradientn(colours = palette, values = c(0, midrange[1], midrange[2], 1)) + 
    xlim(midrange[1],midrange[2]) 
} 
p 

我试图绘制的变量Density的热图，并想用变量quality的分离，我的热图。当我使用上面的代码，我得到以下情节：

它可以清楚地看到，这是一个空白图像。发生这种情况是因为变量Density的范围非常低，如果将变量更改为具有更宽范围的变量（例如，pH），则不会发生此情况。 ggplot应该自动调整到这个？如果没有，我怎样才能让ggplot显示真实的情节？

在这方面的任何帮助将不胜感激。

Answer 1

所以这里至少有两个问题。

首先，您在x方向上有近1600个图块，因此为轮廓指定color="white"意味着只显示为，因此为白色。尝试解决这个问题。

其次，在你values=c(...)参数scale_fill_gradientn(...)你似乎期望midrange[1]和midrange[2]为（0,1），但midrange[2] = 1.003之间。

从通话取出color="white"到geom_tile(...)后，我得到这个：