mpirun命令在bash中显示奇怪的行为

Question

我有一个快速的问题。

我最近尝试使用我的学校的服务器来运行MPI程序，我碰到下面的“奇怪”的问题：

为了执行“的mpirun”命令我只好它的路径放到我的默认在.bashrc里路，我做到了，然后键入：

mpirun -n 16 ./myprogram 

只

得到一个错误约一个名为缺少库：libmpi.so.0

但是，如果我试图运行使用全部的mpirun程序像下面的路径

/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun -n 16 ./myprogram 

一切都很好。

我查了openmpi的常见问题，它说，我需要把下面一行到我的.bashrc

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib 

这实际上固定的东西对我来说，但我的问题仍然没有得到解决：

为什么说发生了什么？

提前感谢您的时间。

Answer 1

由于Open MPI的包装编译器不会在编译/链接myprogram时自动地清除libmpi.so所在的位置（我们在OMPI包装器编译器中传递的标志中采用了最低限度的方法 - 如果它们'不是需要，我们不把它们放在那里）。

具体而言，当您在Linux中运行可执行文件时，运行时链接程序将查找找到该可执行文件所需的所有库（运行“ldd myprogram”，您将看到一系列库myprogram需要）。它会查看所有系统默认位置（它们本身可以由系统管理员配置）。它还会查看由LD_LIBRARY_PATH指定的所有目录 - LD_LIBRARY_PATH实际上是扩展链接程序目录列表​​的每用户方法，以便搜索以查找共享库。

我猜libmpi.so不在任何系统默认位置，因此您需要在LD_LIBRARY_PATH中指定其目录。

或者，您可以在链接myprogram时添加-rpath子句。例如：

mpicc myprogram.c -o myprogram -Wl,-rpath /opt/openmpi/lib 

这将嵌入位置的/ opt /了openmpi/lib添加到myprogram二进制文件本身，并链接器还将寻找在libmpi.so该位置（以及任何需要其他库待解决）。例如：

# Without an rpath clause: 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => not found 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff7ddf000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff7bd2000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000) 

请注意libmpi.so条目中的“未找到”。

您可以设置LD_LIBRARY_PATH，并将它发现：

[8:45] svbu-mpi:~/mpi % setenv LD_LIBRARY_PATH /home/jsquyres/bogus/lib 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000) 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000) 

或者你可以使用-rpath条款（然后在LD_LIBRARY_PATH设置变得无关紧要）：

[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello -Wl,-rpath /home/jsquyres/bogus/lib 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000) 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000)