在ggplot2中带有错误栏的条形图

我正在尝试绘制带有错误栏和有意义明星的条形图。一切都很好，除了意义明星在错误栏上下降，看起来很奇怪。是否有可能单独调整显着性星号。谢谢。在ggplot2中带有错误栏的条形图

R代码里面

dat <- read.delim("read_count1", header=T) 
dat2 <- dat 
dat2$condition <- factor(dat2$condition) 
dat2$star <- "" 
dat2$star[dat$p == .001] <- "*" 
dat2$star[dat$p == 0.0001] <- "**" 

ggplot(dat2, aes(x=group, y=value, fill=condition)) + 
geom_bar(colour="black", stat="identity", position=position_dodge(), 
     size=.3,width=.5) +       # Thinner lines 
xlab("Condition") + ylab("Viral transcript count") + # Set axis labels 
theme_bw() + 
theme(legend.position=c(0.85, .9), legend.direction = "vertical", 
     legend.key.size = unit(4, 'lines'), legend.title=element_blank()) + 
theme(axis.text = element_text(size=8), axis.title = element_text(size=8,face="bold")) + 
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) + 
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd, ymax=value+sd), 
       width = 0.2,       # Width of the error bars 
       position = position_dodge(-.5)) + 
geom_text(aes(label=star), colour="red", vjust=0, size=5, position=position_dodge(.5)) + 
scale_y_continuous(expand=c(0,0), limits = c(0, 13536400))+ 
scale_x_discrete("Viral gene")

我的数据

condition value sd group p 
1h 968738.666666667 131475.799527264 Capsid protein 
1h 340500.666666667 48855.1227235521 Nucleic acid binding protein 
1h 604250.666666667 100141.322860912 Triple gene block p1  
1h 293140.333333333 48797.8510831505 Triple gene block p2  
1h 91655.3333333333 20761.7967992497 Triple gene block p3  
1h 3615029.33333333 635586.634090376 Replication polyprotein 
4h 2787724 245341.698797819 Capsid protein 0.001 
4h 971762.666666667 99832.8035483995 Nucleic acid binding protein 0.001 
4h 2017158.33333333 107557.964732201 Triple gene block p1 0.0001 
4h 949650 50649.2672306323 Triple gene block p2 0.0001 
4h 286073.666666667 8140.5804051882 Triple gene block p3 0.0001 
4h 11525318.6666667 1425912.09504525 Replication polyprotein 0.001

来源

2016-07-15 pali

您可以输入（）您的数据以便于阅读吗？ – BarkleyBG

我的第一个想法是，如果您增加了y轴上限，那么星号可以根据需要将它自己放在错误栏上方。（您可能还想将图例从右上角移到左上角） – BarkleyBG

您正在将文本的y位置映射到'value'上。如果你将它映射到'value + sd'，而不是从错误条的上限而不是条的顶部开始。 – aosmith

将通过映射y位置在误差线，而不是杆的顶部的顶部的文本层作为value + sd在geom_text之内。

geom_text(aes(y = value + sd, label = star),...)

来源

2016-07-15 16:34:25 aosmith

在ggplot2中带有错误栏的条形图

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