使用Rgraphviz无法使线条在简单图形中交叉

Question

因此，刚开始使用Rgraphviz并出于某种原因，它会在我真正简单的图上穿过线条。

A = matrix(c(0,0,0,0,1, 
     1,0,0,0,0, 
     1,0,0,0,0, 
     1,0,0,0,0, 
     0,1,1,1,0), 
     ncol=5, byrow=TRUE) 
rownames(A)=c(1,2,3,4,5) 
colnames(A)=c(1,2,3,4,5) 

library(Rgraphviz) 
am.graph<-new("graphAM", adjMat=A, edgemode="directed") 
am.graph 
plot(am.graph, attrs = list(node = list(fillcolor = "lightblue"), 
          edge = list(arrowsize=0.5))) 

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Answer 1

RGraphiviz提供了一些布局算法，看到了吗？GraphvizLayouts。在您的示例中使用的默认值是“点”算法，它提供了分层布局。其中一种替代方法“twopi”将其中一个节点作为根节点，并将其余节点安排在关于此根节点的一系列同心圆中。这里可以使用第二种算法来避免图中的交叉线。

默认情况下， “twopi” 使用节点1作为根：

plot(am.graph, "twopi", 
    attrs = list(node = list(fillcolor = "lightblue"), 
     edge = list(arrowsize=0.5))) 

然而，我们可以通过属性（？见GraphvizAttributes）改变这种设置节点2作为根：

plot(am.graph, "twopi", 
attrs = list(graph = list(root = 2), 
    node = list(fillcolor = "lightblue"), 
    edge = list(arrowsize=0.5))) 

这或许给出了一个布局更接近你想什么：