R：将变量从R传递给unix

我正在通过bash脚本运行R脚本，并且希望将R脚本的输出返回给bash脚本以继续使用它。R：将变量从R传递给unix

bash的是某事像这样：

#!/bin/bash 
Rscript MYRScript.R 
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R 
do sth with a

和将R脚本是某事像这样：

for(i in 1:5){ 
i 
sink(type="message") 
}

我想庆典用一个变量来自R在工作的时候，意思是： bash接收i = 1并且与其一起工作，当任务完成时，接收i = 2等等。

任何想法如何做到这一点？

来源

2015-10-27 gugy

要从构建一个管你将R脚本运行到另一个shell命令。这样对吗？ – jogo

是的，但是从R到unix，而不是从unix到R – gugy

我想使用R输出（一个文件名）直接在bash中用来修改另一个文件。似乎我更容易这样...？ – gugy

一种选择是让你的[R脚本可执行文件#!/usr/bin/env Rscript （设置可执行位;例如chmod 0755 myrscript.r，chmod +x myrscript.r等），并且像对待任何其他命令一样对待它，例如，分配结果下面的数组变量：

myrscript.r

#!/usr/bin/env Rscript 
cat(1:5, sep = "\n")

mybashscript.sh

#!/bin/bash 
RES=($(./myrscript.r)) 
for elem in "${RES[@]}" 
do 
    echo elem is "${elem}" 
done

nrussell$ ./mybashscript.sh 
elem is 1 
elem is 2 
elem is 3 
elem is 4 
elem is 5

来源

2015-10-27 15:20:09 nrussell

奇怪的是，运行解决方案时，我得到了一个Permission denied（for myrscript.r）错误。任何想法为什么？ – gugy

首先执行'chmod 0755 myrscript.r'， –

@gugy对不起，我在回答中掩盖了这一点;谢谢德克。 – nrussell

这里是MYRScript.R：

for(iter in 1:5) { 
    cat(iter, ' ') 
}

，这里是你的bash脚本：

#!/bin/bash 

r_output=`Rscript ~/MYRscript.R` 

for iter in `echo $r_output` 
do 
    echo Here is some output from R: $iter 
done

Here is some output from R: 1 
Here is some output from R: 2 
Here is some output from R: 3 
Here is some output from R: 4 
Here is some output from R: 5

来源

2015-10-27 15:18:00 DunderChief

R：将变量从R传递给unix

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