2014-10-10 72 views
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特定的行我需要生成一个Cygwin的脚本,从一个大的制表符分隔文本文件提取由制表符分隔文本文件(Cygwin的)

拔出具体线路例如:

chr1 184548974 184549885 SETDB1 436 
chr1 226492354 226492784 CTCF 149 
chr1 243269283 243269767 SETDB1 135 
chr1 243269304 243269644 CHD2 239 
chr1 243269306 243269746 CBX3 376 
chr1 1048502  1049386  KAP1 380 
chr1 2097139  2097389  TEAD4 209 
chr1 9436759  9437223  POLR2A 169 
chr1 9437031  9437357  NR3C1 542 
chr1 9437111  9437327  CTCF 128 
chr1 19922758 19923238 CHD1 277 
chr1 19922759 19923079 JUND 177 

,拉出排在第三列包含“CHD2”

回答

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您可以提取包含“CHD2”用grep命令行:

$ grep -w CHD2 example.txt 
chr1 243269304 243269644 CHD2 239 

$ grep CH example.txt 
chr1 243269304 243269644 CHD2 239 
chr1 19922758 19923238 CHD1 277 
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