2016-03-07 118 views
1

模型我有这个survival data描述死亡率三类服务的(沙龙,餐厅和快递)在十年的时间研究。Cox比例风险模型和时间依赖性考克斯R中

该数据包含三个变量:服务类型(1 =轿车,2 =餐厅,3 =快车),年数(从1到11的整数,其中11表示大于10年)和审查。

我有两个问题:

1)我已经安装了Cox比例风险模型,但什么是检查比例风险假设的方式。那就是我们假设每个人的风险比和基准风险与时间无关。

2)如何在R中拟合时间相关的Cox模型?

这里是我的代码:

#Cox Proportional Hazards 
    cox <- coxph(Surv(Years, Censor) ~ data$`Service Type`) 
    summary(cox) 
+0

这既是摘但它不是一个编程问题,它是一个统计问题(它可以更好地适用于stats.stackexchange),它看起来也很宽泛,我推荐阅读[John Fox的生存分析附录](https ://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/appendix/Appendix-Cox-Regression.pdf)。它涵盖了这些主题以及更多内容,并带有大量示例R代码。 – Gregor

+0

基线危险不被假定为与时间无关,数据不支持时间依赖模型,我将回答有关如何检查比例性的问题在预测中,因为它是一个班轮。 –

+0

时间依赖性分析需要时间依赖性的预测变量的开始和结束时间。这些数据不支持这种分析。 –

回答

0

在pkg生存检查比例的cox.zph功能。请注意,使用“服务类型”为列名提供的编程麻烦,人们可以通过允许周期来代替空格作为与函数read.table默认动作很容易避免:

data <- read.table(url("http://www.stat.ufl.edu/~winner/data/bizmort.dat"), col.names=c("Service Type","Years", "Censor") 
# Also note that the censoring indicatior is reversed so will use 1-Censor 
require(survival) 

cox <- coxph(Surv(Years, 1-Censor) ~ factor(Service.Type), data=data) 
# The test fro proportionality: 

> cox.zph(cox) 
         rho chisq  p 
factor(Service.Type)2 0.0306 0.98 0.322 
factor(Service.Type)3 0.0429 1.91 0.167 
GLOBAL     NA 2.33 0.312