从Linux中形成的文本文件中读取内容bash

Question

我试图使用wget和url从数据库下载文件。例如。

wget的“http://www.rcsb.org/pdb/files/1BXS.pdb”

因此该网址的格式是这样：http://www.rcsb.org/pdb/files/（$ IDNumber中）.PDB”

但是我有很多要下载的文件，所以我写了一个bash脚本读取id_numbers从文本文件，通过wget的形成URL字符串和下载。

!/bin/bash 

while read line 
do 
url="http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb" 
echo -e $url 
wget $url 
done < id_numbers.txt 

然而，URL字符串形成为

.pdb://www.rcsb.org/pdb/files/4H80 

因此，.pdb用http填充。我无法弄清楚为什么。有人有想法吗？ 我该如何格式化它，所以url是

"http://www.rcsb.org/pdb/files/($idnumber).pdb" 

？ 非常感谢。

注意。这个问题被标记为'如何在bash中连接字符串'的重复？但我其实是在寻求别的东西。我在问这个问题之前先阅读了这个问题，结果发现我的问题是在Windows中准备txt文件，而不是真正的字符串诡计。我编辑了问题标题。我希望现在更清楚。

Answer 1

试试这个：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/"$line 
$url=$url".pdb" 

欲了解更多信息，请How to concatenate string variables in Bash?

Answer 2

的-e回声选项用于输出所需的内容，而无需插入新行，你不需要在这里。

另外我怀疑你的文件包含的ID是畸形的，你在哪个操作系统上创建它？

无论如何，你可以简化你的脚本是这样的：

!/bin/bash 

while read line 
do 
    wget "http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb" 
done < id_numbers.txt 

我能够与id_numbers.txt文件成功测试它像这样产生的：

for i in $(0 9) ; do echo "$i" >> id_numbers.txt ; done 

Answer 3

这听起来像你id_numbers.txt文件具有DOS/Windows风格的行结束符（回车符后跟换行符）而不是简单的unix行结束符（只是换行符）。结果是read认为该行以回车符结束，$line实际上在最后有一个回车符，并且嵌入在url中，导致各种混淆。

有几种方法可以解决这个问题。你可以有，当你使用它的bash修剪掉变量回车：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/${line%$'\r'}.pdb" 

或者你可以有read告诉它是回车计为空白（修剪read将削减领先，并从它尾部的空格读）：

while IFS=$'\r' read line 

或者你可以使用如下命令DOS2UNIX的（或其他等值是您的操作系统）到id_numbers.txt文件转换。