如何在.sh文件中运行R作业

Question

我正在尝试运行R脚本。

这些都是从我的[R脚本big2.r

dataa <- read.csv("/home/people/R2/big2.csv") 
write.csv(head(dataa), file="/home/people/R2/head.csv") 

一些行，当我在终端执行R CMD BATCH big2.r，它给了我一个.Rout与head.csv文件一起。

但是当我尝试，使用我的big2.sh文件提交作业使用qsub big2.sh队列它不给我一个.Rout文件或head.csv并为工作和qstat被C standard，然后就不见了。

这是我的sh文件

#!/bin/bash -l 

module load R/3.2.2 
R CMD BATCH big2.r 

我在做什么错误的内容？提交执行R脚本的作业的正确方法是什么？

当我尝试#!/usr/bin/r时出现以下错误。

-bash: /var/spool/torque/mom_priv/jobs/363059.sonic-head.SC: /usr/bin/r: bad interpreter: No such file or directory

我试着在Bash script: bad interpreter找到了解决办法，但没有帮助。

Answer 1

好的尝试是这样的：

#!/usr/bin/bash -l 
#PBS -N qsub_R_test 

cd $PBS_O_WORKDIR 
echo We are now in working directory $PWD 
module load R/3.2.2 
R CMD BATCH big2.r 

Answer 2

您可以创建类似（batchR.sh）一个shell脚本：

#!/bin/bash 
#$ -S (your parameter can go here, one line for each) 
#$ -j xyz 

module load R/3.2.2 #in case you specifically need to load R on server node 
R CMD BATCH big2.r 

提交以此为 的qsub batchR.sh