从R对象提取long []

我正在试图为一些基于C的稀疏矩阵处理代码打包（请参阅previous question）。为了调用的主力C函数，我需要创建看起来像这样的结构：从R对象提取long []

struct smat { 
    long rows; 
    long cols; 
    long vals;  /* Total non-zero entries. */ 
    long *pointr; /* For each col (plus 1), index of first non-zero entry. */ 
    long *rowind; /* For each nz entry, the row index. */ 
    double *value; /* For each nz entry, the value. */ 
};

这些很好地对应于一个dgCMatrix稀疏矩阵的插槽。因此，理想情况下，我只需指向dgCMatrix中的内部数组（在验证C函数不会与数据混淆[我还没有完成]之后）。

对于*value，看起来我可以根据需要使用REALSXP或其他来获得double[]。但是对于*pointr和*rowind，我不确定是否能找到合适的数组。我是否需要遍历条目并将它们复制到新数组中，并按照我的方式进行投射？或者Rcpp可以在这里提供一些糖吗？这是我第一次真正使用Rcpp，而且我还没有精通它。

谢谢。

编辑：我也有一些链接麻烦，我不明白：

Error in dyn.load(libLFile) : 
    unable to load shared object '/var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so': 
    dlopen(/var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so, 6): Symbol not found: __Z8svdLAS2AP4smatl 
    Referenced from: /var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so 
    Expected in: flat namespace 
in /var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so

我需要要创建我的图书馆有一些特殊的编译标志？

编辑2：它看起来像我的libargs参数没有效果，因此libsvd符号永远不会将它放入库中。我能找到没有办法使用cxxfunction()包括图书馆 - 这里就是我想要尝试，但额外的参数（从cfunction()如意thinkingly借用）都默默地吞噬了：

fn <- cxxfunction(sig=c(nrow="integer", mi="long", mp="long", mx="numeric"), 
        body=code, 
        includes="#include <svdlib.h>\n", 
        cppargs="-I/Users/u0048513/Downloads/SVDLIBC", 
        libargs="-L/Users/u0048513/Downloads/SVDLIBC -lsvd", 
        plugin="Rcpp", 
        verbose=TRUE)

我觉得我要去关于这整个过程是错误的，因为没有什么工作。任何人在正确的方向踢我？

来源

2011-02-15 Ken Williams

我决定也发布RCPP-devel邮件列表上的查询，并得到了德克和Doug一些好的建议&帮助：

http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rcpp-devel/2011-February/001851.html

我仍然不超轻便与此东西，但到达那里。 =）

来源

2011-02-28 19:17:58

我已经做了[R]类似-Smalltalk接口的东西，去年，前往它更为通用，以能够使用字节数组传递所有的数据备份和反复：

在C I具有：

DLLIMPORT void getLengthOfNextMessage(byte* a); 
DLLIMPORT void getNextMessage(byte* a);

在R：

getLengthOfNextMessage <- function() { 
    tmp1 <- as.raw(rep(0,4)) 
    tmp2<-.C("getLengthOfNextMessage", tmp1) 
    return(bvToInt(tmp2)) 
} 

receiveMessage <- function() { 
    #if(getNumberOfMessages()==0) { 
    # print("error: no messages") 
    # return(); 
    #} 
    tmp1<-as.raw(rep(0, getLengthOfNextMessage()+getSizeOfMessages())) 
    tmp2<-.C("getNextMessage", tmp1) 
    msg<-as.raw(tmp2[[1]]) 
     print(":::confirm received") 
     print(bvToInt(msg[13:16])) 
    # confirmReceived(bvToInt(msg[13:16])) 
    return(msg) 
}

我已注释的使用功能getNumberOfMessages（）和confirmReceived（），其是特定的问题，我不得不解决（多来回通信）。本质上，代码使用参数字节数组传输信息，首先是4字节长的信息，然后是实际数据。这看起来不太优雅（即使对我来说）比使用结构，但我发现它更通用，我可以挂钩到任何DLL，传输任何数据类型。

来源

2011-02-20 22:45:54

从R对象提取long []

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