从命令行无声运行R，将结果导出到JSON

如何从shell调用R脚本（例如，从Node.js exec）并将结果导出为JSON（例如返回Node.js）？从命令行无声运行R，将结果导出到JSON

下面的R代码基本上工作。它读取数据，适合的模型，转换参数估计到JSON，并把结果打印到stdout：

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave 
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
library(rjson) 
library(reshape2); 

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=","); 
mylogit <- glm(y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial"); 
params <- melt(mylogit$coefficients); 
json <- toJSON(params); 
json

这是我想如何从节点调用它...

var exec = require('child_process').exec; 
exec('./model.R', function(err, stdout, stderr) { 
    var params = JSON.parse(stdout); // FAIL! Too much junk in stdout  
});

除R进程不会停止打印到标准输出。我试过--quiet --slave --silent这些都有所帮助，但还不够。这里是什么发送到stdout：

The downloaded binary packages are in 
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages 

The downloaded binary packages are in 
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages 
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

What's the best way to use R scripts on the command line?

运行R --silent --slave CMD BATCH model.R每个帖子下面还导致大量无关的文本打印到model.Rout：

Run R script from command line

来源

2015-06-19 prototype

这些办法只能停的r自己的打印系统消息，他们不会停止另一个R功能做一些打印。否则，你会停止打印最后一行，并且不会让你的json输出stdout！

这些消息从install.packages到来，所以尝试：

install.packages(-whatever-, quiet=TRUE)

号称降低输出量。如果它减少到零，工作完成。

如果不是，那么你可以用sink重定向stdout，或者在capture.output内运行。

来源

2015-06-19 16:57:02 Spacedman

啊哈，就是这样！最后一个小问题，有没有办法像'[1]“{\”value \“：[4.04458733165933，...' – prototype

]那样压制前导”'[1]'“这是标签告诉你它的长度为1 vector，并且它来自当你在命令行命名的时候发生的默认打印，如果你使用'cat（json）'而不是打印没有标签的原始字符串，并且它不会逃避引号无论如何你是想要的 – Spacedman

从命令行无声运行R，将结果导出到JSON

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