如何通过一个因子子集数据框并为每个子集重复一个绘图？

Question

我是R的新手。如果这个问题有了明显的答案，但我一直无法找到解决方案，请原谅我。我有SAS经验，可能只是以错误的方式思考这个问题。

我有一个数据集，包含数百个科目的重复测量，每个科目在不同年龄段都有多个测量。每个主题由ID变量标识。我想按照AGE为每个单独的主题（ID）绘制每个测量值（让我们说身体重量）。

我用GGPLOT2做这样的事情：

ggplot(data = dataset, aes(x = AGE, y = WEIGHT)) + geom_line() + facet_wrap(~ID) 

这非常适用于少数科目，但不会对整个数据集工作。

我也试过这样的事情：

ggplot(data=data, aes(x = AGE,y = BW, group = ID, colour = ID)) + geom_line() 

这也适用于少数科目，但无法读取数百个科目。

我试着用这样的代码子集：

temp <- split(dataset,dataset$ID) 

，但我不知道如何使用所产生的数据集工作。或者也许有一种方法可以简单地调整facet_wrap，以便创建单个图块？

谢谢！

Answer 1

因为要分裂的数据集，并为每个情节因此，我会使用plyr软件包中的一个拆分应用返回工具来处理此问题。

以下是使用mtcars数据集的玩具示例。我首先创建该图并将其命名为p，然后使用dlply将数据集按一个因子分解并返回每个级别的图。我利用ggplot2中的%+%来替换图中的data.frame。

p = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + 
    geom_line() 

require(plyr) 
dlply(mtcars, .(cyl), function(x) p %+% x) 

这将一个接一个地返回所有图。如果您命名结果列表对象，则您也可以一次调用一个图。

plots = dlply(mtcars, .(cyl), function(x) p %+% x) 
plots[1] 

编辑

我开始思考把一个标题基于的因素，这似乎将是有益的每个地块。

dlply(mtcars, .(cyl), function(x) p %+% x + facet_wrap(~cyl)) 

编辑2

这里是保存这些单个文档中的一种方式，每页一个情节。这与名为plots的地块一起工作。它将它们全部保存到一个文档，每页一个图。我没有更改pdf中的任何默认值，但您肯定可以探索可以进行的更改。

pdf() 
plots 
dev.off() 

更新使用的软件包dplyr，而不是plyr。这在do中完成，并且输出将具有一个包含所有图作为列表的命名列。

library(dplyr) 
plots = mtcars %>% 
    group_by(cyl) %>% 
    do(plots = p %+% . + facet_wrap(~cyl)) 


Source: local data frame [3 x 2] 
Groups: <by row> 

    cyl   plots 
1 4 <S3:gg, ggplot> 
2 6 <S3:gg, ggplot> 
3 8 <S3:gg, ggplot> 

要查看R中的图，只需询问包含图的列。

plots$plots 

，并保存为

pdf() 
plots$plots 
dev.off() 

Answer 2

lapply(temp, function(X) ggplot(X, ...)) 

哪里X是您的子集化的数据

请记住，您可能必须明确print的ggplot对象（print(ggplot(X, ..))）

Answer 3

几年前一个PDF，我想要做类似的东西 - 对于情节的人生轨迹〜2500倍的参与者每1-7测量。我做到了这样，使用plyr和ggplot2：

library(plyr) 
library(ggplot2) 

d_ply(dat, .var = "participant_id", .fun = function(x) { 

    # Generate the desired plot 
    ggplot(x, aes(x = phase, y = result)) + 
     geom_point() + 
     geom_line() 

    # Save it to a file named after the participant 
    # Putting it in a subdirectory is prudent 
    ggsave(file.path("plots", paste0(x$participant_id, ".png"))) 

}) 

有点慢，但它的工作。如果你想获得所有参与者的轨迹感积于一身（如您的第二个例子 - 又名意大利面条图），你可以调整线条的透明度（忘了着色他们，虽然）：

ggplot(data = dat, aes(x = phase, y = result, group = participant_id)) + 
    geom_line(alpha = 0.3)