2017-03-08 30 views
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就R控制台中,我可以看到系统2()的输出:knitr未能打印出系统2()输出

> STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
>  system2(STAR,'--version') 
STAR_2.5.2b 

但是,当我有一个.Rnw一个块文件等这样的:

\begin{frame}[fragile]{Global STAR settings} 
<<echo=TRUE, results="asis">>= 
STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
system2(STAR,'--version') 
@ 
\end{frame} 

它应该在页面上打印出STAR_2.5.2b,但没有打印任何内容。有人知道为什么吗?

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尝试设置'stdout = TRUE',即'system2(STAR,'version',stdout = TRUE')'。 –

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感谢您的建议!它现在已经修复了。 –

回答

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尝试设置stdout = TRUEsystem2(STAR,'--version', stdout = TRUE)