R错误的脚本运行的时候，而不是在控制台

下面的代码工作正常，在R控制台（R 3.3.0）：R错误的脚本运行的时候，而不是在控制台

m = system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix") 
x = Matrix::readMM(m)

我可以把它放在一个脚本它运行R中控制台细如：

source("test.R")

然而，当我执行它Rscript --vanilla test.R或Rscript test.R，我得到一个错误：

Error in validObject(.Object) : 
    invalid class “dgTMatrix” object: Not a valid 'Mnumeric' class object 
Calls: <Anonymous> -> new -> initialize -> initialize -> validObject 
Execution halted

我不知道这是否与该特定功能有关。我猜这与Rscript的工作原理有关，但之前我曾与其他各种库和函数一起使用过，并且从未见过类似的东西。任何想法发生了什么？

来源

2017-04-07 burger

我不能复制这一点。你确定你正在运行的R与你正在运行的相同版本的Rscript绑定吗？也许尝试在脚本中添加'library（methods）'，因为Rscript默认不加载。 – MrFlick

绝对是R和Rscript（相同'bin'和相同'--version'）的相同版本。 – burger

添加'库（方法）'工作。发生了什么？ – burger

我可以确认...我在运行包含致电glmnet()的脚本的脚本时遇到了完全相同的错误。我能够将其追溯回glmnet所依赖的Matrix软件包。

我从v3.3.3 - > v3.3.2回滚了我的R版本，错误消失了。然后我检查了两者之间的sessionInfo()，发现Matrix包的版本不同......它是1.2-8（v3.3.3）和1.2-7.1（v3.3.2）。为了确认，我简单地用“破碎”版本替换了Matrix（7.1）的“OK”版本，并返回错误。

我还可以确认通过library(methods)明确加载方法包可以解决错误（某种程度上？），它解释了控制台调用和命令行中Rscript调用之间的不同行为。

因此，我们似乎有2个变通办法：

library(methods)
回来修订版的矩阵版本1.2-7.1。

这两个都不是非常令人满意......我只是想知道Matrix 1.2-8发生了什么。也许它会在下一个版本中被修正。

如果你有兴趣，这里是我的sessionInfo()：

R version 3.3.3 (2017-03-06) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base 

other attached packages: 
[1] glmnet_2.0-5 foreach_1.4.3 Matrix_1.2-8 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] codetools_0.2-15 grid_3.3.3  iterators_1.0.8 methods_3.3.3 

[5] lattice_0.20-35

来源

2017-04-07 18:03:34

我也在使用Matrix 1.2-8，所以它现在更有意义。我仍然不知道为什么使用Rscript执行有所作为。 – burger

它有所不同，因为'Rscript'命令'脚踢'脚本时'方法'没有附加，但它会在标准R启动时加载。环境非常接近，但并不完全相同（以前我曾经假设过！）。比较： 'RSCRIPT --vanilla -e “sessionInfo（）”' 到的r --vanilla（开始R对话）'' sessionInfo（）' 的方法包被安装在后一种但不前者。 –

感谢澄清！我不知道。我很惊讶'方法'没有被其他软件包加载。我最初在加载一些软件包后遇到了这个问题。 – burger

哦，亲爱的。我很漂亮（不是100％！）确定这个问题不应该适用于新版本的R和Matrix。仍然我会声称这是而不是一个正确的意义上的矩阵错误，而不是'Rscript'与'R'错误 - 作为@Stu字段已经提到; Rscript默认情况下不会将methods程序包附加到search()路径，但常规的R程序不会。

OTOH，R CMD check Matrix现在应该尝试运行Matrix，而不将方法包放在搜索路径中，因此该问题不应出现在Matrix 1.2-9和更新的版本中，即默认从R 3.4.0和更新版本或者如果您有旧版本的R，则更新'Matrix'软件包。

再次强调一下：您能否确认R 3.4.0（其中包含Matrix 1.2-9“随附它”）的问题已消失？？

这里是一个更有用的示例脚本，我叫Rscript-tst.R。运行方式

Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout 2>&1

或（如本人与安装了很多的R版本中）像

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

Rscript-tst.R：

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ... 
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix")) 
packageDescription("Matrix") 
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search() 
str(Matrix::readMM) 
sessionInfo() 
x <- Matrix::readMM(m) 
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)

来源

2017-06-08 13:36:00

R错误的脚本运行的时候，而不是在控制台

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