访问R中的SQLite数据库

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我想访问和处理R中的一个大型数据集。由于它是一个很大的CSV文件（〜0.5 GB），我打算将它导入到SQLite中，然后从R中访问它。知道sqldf和RSQLite包可以做到这一点，但我去他们的手册，他们没有帮助。作为SQL的新手也无济于事。访问R中的SQLite数据库

我想知道我必须将R目录设置为SQLite的，然后从那里去？那么我如何读取R中的数据库呢？哎呀，如果你知道如何在不使用SQL的情况下从R访问数据库，请告诉我。

谢谢！

来源

2012-10-11 Dombey

它确实很简单 - sqlite db文件的路径和文件名作为'database'参数传递。这里是CRANberries所做的：

databasefile <- "/home/edd/cranberries/cranberries.sqlite" 

## ... 

## main worker function 
dailyUpdate <- function() { 
    stopifnot(all.equal(system("fping cran.r-project.org", intern=TRUE), 
         "cran.r-project.org is alive")) 
    setwd("/home/edd/cranberries") 
    dbcon <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname = databasefile) 
    repos <- dbGetQuery(dbcon, 
         paste("select max(id) as id, desc, url ", 
           "from repos where desc!='omegahat' group by desc") 
    # ...

这就是所有的东西。当然，还有其他疑问稍后...

您可以轻松地从R.

编辑来自R尝试，或试图直接之前测试中SQLite的客户端的所有SQL查询：由于以上显然太简洁了，下面是直接从文档中获得的示例：

con <- dbConnect(SQLite(), ":memory:")   ## in-memory, replace with file 
data(USArrests) 
dbWriteTable(con, "arrests", USArrests) 

res <- dbSendQuery(con, "SELECT * from arrests") 
data <- fetch(res, n = 2) 
data 

dbClearResult(res) 
dbGetQuery(con, "SELECT * from arrests limit 3")

来源

2012-10-11 18:03:30

好的。首先，我必须将CSV文件导入SQLite，对吧？然后CSV文件变成一个.sqlite文件。那么R如何知道在.sqlite文件中读取哪里？如果你正在给出一个解决方案，那么至少写你的代码的评论，而不是把它转储给其他人。谢谢。 – Dombey

你必须提供一个sqlite数据库，如何创建那些覆盖在sqlite文档（这是相当不错的）。看看上面如何使用变量'databasefile' - 就像我写的那样。 –

@GTyler：哈哈！如果你要求免费的帮助，那么至少应该表现出欣赏而不是批评他们没有提供最好的答案。谢谢。 ;-) –

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