从wordpress安装运行exec（）Rscript

目标： 从wordpress页面运行简单的Rscript。从wordpress安装运行exec（）Rscript

我目前正试图在加载页面时使用exec（）来运行Rscript。该脚本创建从整数1到10的100个随机样本的直方图，将系统时间写入标题并将图保存为.png文件。

设置：

运行的WordPress安装在Ubuntu EC2微实例
R已经被成功地安装和通过ssh
使用Exec的-PHP WordPress插件使得PHP代码可以测试写入并执行（测试成功）

PHP代码（WordPress的页内）

<?php 
    echo "This is the Exec-PHP 'Hello World'\n"; 
    echo exec("date"); 
    ?> 

    <?php 
    exec("Rscript <PATH>/test.R"); 
    ?> 

    <img src="<Image Location>/samplePlot.png" alt="" title="Sample R" />

RSCRIPT - test.R

png("<Image Location>/samplePlot.png") 
    hist(sample(1:10, 100, replace = TRUE), main= Sys.time(), lwd = 5) 
    dev.off()

图像文件加载，但它没有更新，说明RSCRIPT从来没有被执行。我已经将它归结为这个问题，但不确定这是为什么。

我该如何调试？我真的不知道任何PHP的，但我试过如下：

<?php 
    exec("\usr\bin\Rscript <PATH>/test.R", $output, $result); 
    echo $output; 
    echo $result 
    ?>

将返回：

Array2

我希望得到的命令行输出来检查错误。这可能吗？

来源

2011-12-12 bnjmn

它按预期从命令行工作吗？ r脚本需要多长时间才能运行 – 2011-12-12 22:55:27

当我以普通用户的身份登录时，它确实有效。该脚本执行得非常快。这可能是一个权限问题吗？无法写入？我将如何检查这个？我无法从php exec（）调用获取任何输出。 – bnjmn

我猜脚本运行时，HTML发送给用户，所以他们下载旧版本的情节，而它正在更新 – hadley

我认为问题在于你没有指定完整路径到Rscript，运行PHP/Apache的用户只是不知道在哪里搜索它。

更新exec命令一样（在Linux上）：

exec("/usr/bin/Rscript <PATH>/test.R");

无论如何，我会建议供以后和（基于这样）任务安装littler为让事情捉迷藏r而不是Rscript运行速度快了很多 - 如果安装例如。 rApache不是一个选项。

来源

2011-12-12 23:11:02 daroczig

我最初使用完整的路径，并有相同的结果。在此期间，我会考虑小问题。 – bnjmn

你有安装/配置的apparmor或类似吗？尝试从命令行以webserver用户的名义运行'Rcript'。 – daroczig

要得到这个问题的尝试的想法：

$e = exec("\usr\bin\Rscript <PATH>/test.R 2>&1"); 
var_dump($e);

如果你喜欢的东西：在dyn.load错误（文件的DLLPath = DllPath的，...）... 你可能需要更新服务器动态库（尝试搜索libfreetype。dylib），或者如果你正在运行MAMP（因为我），你需要评论（＃）这两个未注释的行：/ Applications/MAMP/Library/bin/envvars

我知道你已经很长时间这个问题，但我花了很多时间与类似的问题 - 希望有人可以节省一些时间;）

来源

2012-11-05 01:40:13 seb5s

虽然对于原始问题（引用在Ubuntu中运行，而不是在Mac OS X中）并没有真正的相关性，但我必须说 - 这结束了长达一小时的搜索，让我感到沮丧。即使修改了库文件的所有权，我也永远无法让MAMP甚至包括核心库（如统计信息），尽管它会加载RJSONIO。奇怪的。无论如何，评论这些行允许MAMP执行R脚本来查找它以前没有发现的dylib，这可能是包类统计信息的依赖关系。感谢分享！ –

从wordpress安装运行exec（）Rscript

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