python中有没有好的层次聚类软件包需要距离矩阵？

Question

我有一个由成对的levenshtein距离组成的距离矩阵。我正在使用scikits-learn。但是层次聚类算法并没有将距离矩阵作为聚类的输入。所以我必须寻找一个可以做到这一点的新套件。

是否有任何快速且经过良好测试的软件包用于分层聚类？

Answer 1

的scipy.cluster.hierarchy.ward函数（用作后备实施sklearn的Ward当不需要连通约束）可以接受既观察和预先计算的距离（参见​​更多细节）。它只是在sklearn的API中尚未公开。