如何从R脚本读取命令行参数？

Question

我有一个R脚本，我希望能够提供几个命令行参数（而不是代码本身的硬编​​码参数值）。该脚本在Windows上运行。

我找不到有关如何将命令行中提供的参数读入我的R脚本的信息。我会很惊讶，如果它不能完成，所以也许我只是没有使用我的谷歌搜索最好的关键字...

任何指针或建议？

Answer 1

Dirk's answer here是您需要的一切。这是一个最小可重现的例子。

我做了两个文件：exmpl.bat和exmpl.R。

• exmpl.bat：

  set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" 
  %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 
  

  或者，使用Rterm.exe：

  set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe" 
  %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 <exmpl.R> exmpl.batch 2>&1 
  

• exmpl.R：

  options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file 
  args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
  print(args) 
  # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: 
  # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) 
  
  start_date <- as.Date(args[1]) 
  name <- args[2] 
  n <- as.integer(args[3]) 
  rm(args) 
  
  # Some computations: 
  x <- rnorm(n) 
  png(paste(name,".png",sep="")) 
  plot(start_date+(1L:n), x) 
  dev.off() 
  
  summary(x) 
  

将这两个文件保存在同一个目录中并开始exmpl.bat。在结果你会得到：

• example.png一些情节
• exmpl.batch与所有做

您还可以添加变量的环境%R_Script%：

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" 

和在批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename.r> <arguments>

个

RScript和Rterm之间的差异：

• Rscript具有简单的语法
• Rscript自动选择在x64架构（见R Installation and Administration, 2.6 Sub-architectures了解详细信息）
• Rscript需求options(echo=TRUE)在.R文件，如果你想要写的命令到输出文件

Answer 2

你需要littler（发音为 '小R'）

德克将在约15分钟的阐述;）

Answer 3

的几点：

1. 命令行参数 可通过commandArgs()访问，因此 请参阅help(commandArgs)以获取 概述。

2. 您可以在所有平台（包括Windows）上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。 littler可以移植到Windows，但现在只能在OS X和Linux上运行。

3. CRAN上有两个附加软件包 - getopt和optparse - 它们都是为命令行解析编写的。

编辑11月2015：新的替代品出现，我全心全意建议doctopt。

Answer 4

将此添加到脚本的顶部：

args<-commandArgs(TRUE) 

然后你可以称之为args[1]传递的参数，args[2]等

然后运行

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3 

如果你的ARG游戏带空格的字符串，用双引号括起来。

Answer 5

在bash，可以构造这样的命令行：

$ z=10 
$ echo $z 
10 
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z 
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 
[1] 5.5 
[1] 3.027650 
$ 

可以看到，可变$z通过bash外壳与“10”被取代的，该值是通过commandArgs拾取并输入args[2]，由R执行的范围命令x=1:10等等

Answer 6

参考文献：有一个函数args（），它检索R函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆

Answer 7

尝试库（getopt）...如果你想让事情变得更好。例如：

spec <- matrix(c(
     'in'  , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)", 
     'gc'  , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)", 
     'out' , 'o', 1, "character", "output filename (optional)", 
     'help' , 'h', 0, "logical", "this help" 
),ncol=5,byrow=T) 

opt = getopt(spec); 

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) { 
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n")); 
    q(); 
} 

Answer 8

如果需要指定与标志的选项，（如-H，--help，--number = 42，等），你可以使用R包optparse（在Python启发）： http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf。

至少这个我怎么理解你的问题，因为当我找到一个等价的bash getopt，或者perl Getopt，或者python argparse和optparse时，我发现了这个帖子。

Answer 9

我只是放在一个很好的数据结构和处理链来产生这种开关行为，不需要库。我确信它已经实现了很多次，并且遇到了这个线程寻找的例子 - 我想我会插入。

我甚至没有特别需要标志（这里唯一的标志是调试模式，创建一个变量，我将检查它作为启动下游函数的条件if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)})。下面的标志检查lapply语句产生如下：

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T 
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

其中args是从命令行参数中读出的变量（一个字符向量，相当于c('--debug','--help')当提供这些上例如）

它是可重复使用的任何其他标志和你避免所有的重复，和没有图书馆所以没有依赖性：

args <- commandArgs(TRUE) 

flag.details <- list(
"debug" = list(
    def = "Print variables rather than executing function XYZ...", 
    flag = "--debug", 
    output = "debug.mode <- T"), 
"help" = list(
    def = "Display flag definitions", 
    flag = c("-h","--help"), 
    output = "cat(help.prompt)")) 

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) { 
    paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ") 
}) 
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) { 
    if (eval(parse(text = x))) { 
    return(T) 
    } else return(F) 
})) 

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){ 
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description 
    paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse=" "), 
    flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t") 
}) 

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n") 

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied 
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){ 
    if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']]) 
})) 
eval(parse(text = flag.output)) 

注意，在这里flag.details命令被存储为字符串，然后用eval(parse(text = '...'))评估。对于任何严肃的脚本，Optparse显然都是可取的，但最小功能代码有时候也是很好的。

输出示例：

$ Rscript check_mail.Rscript --help 
--debug Print variables rather than executing function XYZ... 

-h --help Display flag definitions

Answer 10

由于optparse已经在答复中提到了几次，并提供了命令行处理的综合套件，这里是你如何使用它很短的简单的例子，假设输入文件存在：

script.R：

library(optparse) 

option_list <- list(
    make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE, 
    help="Count the line numbers [default]"), 
    make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3, 
    help="Multiply output by this number [default %default]") 
) 

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list) 

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1) 
opt <- args$options 
file <- args$args 

if(opt$count_lines) { 
    print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor)) 
} 

鉴于任意文件blah.txt有23行。

在命令行上：

Rscript script.R -h输出

Usage: script.R [options] file 


Options: 
     -n, --count_lines 
       Count the line numbers [default] 

     -f FACTOR, --factor=FACTOR 
       Multiply output by this number [default 3] 

     -h, --help 
       Show this help message and exit 

Rscript script.R -n blah.txt输出[1] "69"

Rscript script.R -n -f 5 blah.txt输出[1] "115"