Python的床模块

Question

我需要创建带有此功能的床模块：

readBed（文件）-read一个BED格式文件，并从它包含的数据构建模型的基因对象的列表。

writeBed（模型=模型，FNAME =文件） - 写入基因模型对象的定列表，并将其写入到一个文件名为FNAME。

对于readBed，我在想，我以前写的readline功能，并添加代码为它的结果返回一个列表。对于writeBed，我真的很无能。这里是我的代码，请指导我大家：

def ReadBed(file): 
    result = [] 
    line = fh.readline() 
    if not line: 
     fh.close() 
    else: 
     return result 

def writeBed(models=models, fname=file): 
    if file.ReadBed = result 
    return result in fname 

另外，我有一个Range类这样的，我想提出的TypeError和ValueError异常对我的课，但不知道如何做到这一点，每个人都可以请也帮助我。非常感谢大家：

class Range: 
    def __init__(self, start, end): 
    self.setStart(start) 
    self.setEnd(end) 
    def getStart(self): 
    return self.start 
    def setStart(self, s): 
    self.start = s 
    def getEnd(self): 
    return self.end 
    def setEnd(self, e): 
    self.end = e 
    def getLength(self): 
    return len(range(self.start, self.end)) 
    def overlaps(self, r): 
    if (r.getStart() < self.getEnd() and r.getEnd() >= self.getEnd()) or \ 
     (self.getStart() < r.getEnd() and self.getEnd() >= r.getEnd()) or \ 
     (self.getStart() >= r.getStart() and self.getEnd() <= r.getEnd()) or \ 
     (r.getStart() >= self.getStart() and r.getEnd() <= self.getEnd()): 
     return True 
    else: 
     return False 

Answer 1

在不知道数据被保存到文件格式，我只能假定它正在pickled。考虑到这样的假设，我可以给你下面的代码：

import cPickle 

def readBed(filepath): 
    with open(filepath, 'r') as f: 
     data = cPickle.load(f) 
     return data 

def writeBed(models, filepath): 
    with open(filepath, 'w') as f: 
     cPickle.dump(models, f) 

Answer 2

我将从Range类开始。首先，你不应该使用get/set方法，而应该使用变量。在python中获取/设置方法几乎总是不好的做法。即使你需要验证，你也可以使用属性。

如果您使用的Python 2.x中，你需要从object继承获得新的样式类。如果你使用py3k，你不需要声明它。在python

方法和函数名称应该是like_this而非likeThis（按照约定）。

做类似if bool: return True else: return False的东西总是可以简化为return bool，这样可以使您的重叠方法简单得多。如果你稍微思考一下它的逻辑，你的比较变得容易得多：对于两个范围重叠，必须在另一个范围之前开始，并且也必须在另一个范围开始之后结束。

对于您的BED功能，您是否尝试过运行它们？发生了什么？确保查看你在函数中使用的变量以及你在哪里定义它们。您还应该看看with声明，这是打开文件时常用的语句。它提供了安装和拆卸的钩子，并且制作了文件句柄，以便它们拆卸下来。尝试使用它，它也应该使逻辑更清晰一点。

class Range(object): 
    def __init__(self, start, end): 
     self.start = start 
     self.end = end 

    def __len__(self): 
     """This allows you to do len(Range object).""" 
     return self.end - self.start + 1 

    def overlaps(self, other): 
     if self.start < other.end: 
      return self.end > other.start 
     if other.start < self.end: 
      return other.end > self.start