文件我在d新希望解析表单解析与d
>name1
acgcgcagagatatagctagatcg
aagctctgctcgcgct
>name2
acgggggcttgctagctcgatagatcga
agctctctttctccttcttcttctagagaga
>name2
gag ggagag
,这样我可以捕捉到“头” 1,名称,与相应的“序列NAME3的生物档案'数据,..acgcg ...东西。
现在我有this.but它将被行只迭代线,
import std.stdio;
import std.stream;
import std.regex;
int main(string[] args){
auto filename = args[1];
auto entry_name = regex(r"^>(.*)"); //captures header only
auto fasta_regex = regex(r"(\>.+\n)([^\>]+\n)"); //captures header and correponding sequence
try {
Stream file = new BufferedFile(filename);
foreach(ulong n, char[] line; file) {
auto name_capture = match(line,entry_name);
writeln(name_capture.captures[1]);
}
file.close();
}
catch (FileException xy){
writefln("Error reading the file: ");
}
catch (Exception xx){
writefln("Exception occured: " ~ xx.toString());
}
return 0;
}
我想知道提取头的一个很好的方式和顺序数据,这样我可以创建一个关联数组,其中每个项目对应于文件中的条目
[name1:acgcgcagagatatagctagatcgaagctctgctcgcgct,name2:acgggggcttgctagctcgatagatcgaagctctctttctccttcttcttctagagaga,.....]
d似乎是流行的生物信息学家:) – Trass3r