R：关联值与系统发育提示

Question

我有一个系统发育和一些数据（性状值）。我已经使用ace在caper中重建了所有节点的特征值。

我使用makeNodeLabel在ape将重建的性状值与其适当的节点相关联。

我想要做的是从包含既节点值（recontructed值）和尖端标签（emperical数据）R导出关系文件（系统发育）。我想要使​​用颜色代码（在FigTree中）来表示值，但现在我只能用节点来做到这一点，即尖端分支没有数据，因此不是“可编码的颜色” 。

我需要将值关联到提示才能做到这一点，但我一直无法弄清楚如何做到这一点。我还需要与系统发育关联的所有数据处于“相似类别”，即类似于例如来自*BEAST的theta值如何在nexus文件中编码。

任何和所有的帮助，非常感谢。

Answer 1

我已经找到了解决办法：

来自R

出口树（关系格式）关联到节点重建的特质。在FigTree中打开并将“标签”特征定义为“特征”。从标题为“trait”的列中包含经验数据的文本文件导入提示注释。然后将FigTree中的树导出到具有nexus-block的新文件并包含注释。最后，从联结文件中的名称块（动物/有机体[&特征= 2.35754]）复制名称，并与编码树中的名称交换名称。然后，您将通过[& Trait = value]为节点和提示编码特征值。现在，您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育关系提示相关的经验值。

Sooo，这是一个愚蠢的做法。如果有人有更好的办法，我很乐意听到它。