存储shell命令的结果

Question

正如你可以阅读标题，我有兴趣将存储shell命令的结果并将其传递给另一个规则。

贝娄是我的规则：

SAMTOOLS = config["SAMTOOLS"] 
rule useDepth: 
    input: 
    depth = "{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth" 
    output: 
    tmpVCF = "{individual}_{chr}.vcf" 
    run: 
    depth = storage.fetch("chrDepth") 
    shell("echo {depth} | exit 1") 

rule calDepth: 
    input: 
    bam = "{individual}.fixmate.sort.rgmdup.bam" 
    output: 
    temp("{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth") 
    run: 
    import subprocess,shlex 
    depth=subprocess.check_output(shlex.split("{SAMTOOLS} depth -r {wildcards.chr} {input.bam} | awk '{{sum += $3}} END {{print sum/NR}}'"),shell=True) 
    storage.store("chrDepth", depth) 
    shell("echo \"Depth for {wildcards.chr} has been calculated\" > {output[0]}") 

我肯定在这里接受，因为1号出口的错误！但那只是为了测试。

我试图解决的错误是subprocess.check_output（）中{SAMTOOLS}的值！

depth: 1: depth: {SAMTOOLS}: not found 
Error in job chrDepth while creating output file 
RuleException: 
Command '['{SAMTOOLS}', 'depth', '-r', '{wildcards.chr}', '{input.bam}', '|', 'awk', '{{sum += $3}} END {{print sum/NR}}']' 

要更多的信息，因为不同势用户可能安装samtools在不同的地方，我们做samtools的地址，通过CONFIGFILE配置。但是，在这里我不能：

1）读取{SAMTOOLS}的正确值！

2）使整个命令可以运行！

那么，你能否告诉我是否有其他方式存储/传递规则的输出到另一个规则！？更特别的是，我如何增强snakemake来告诉shell {SAMTOOLS}可用。

谢谢！

Answer 1

这是您设置访问权限以用作Python变量。

SAMTOOLS = config["SAMTOOLS"] 

但你尝试这里访问它，通过{} SAMTOOLS作为Snakemake规则特定通配符：

depth=subprocess.check_output(shlex.split("{SAMTOOLS} depth -r {wildcards.chr} {input.bam} | awk '{{sum += $3}} END {{print sum/NR}}'"),shell=True) 

Snakemake通配符不被访问的方式Python的变量相同。 此外，{SAMTOOLS}在这里被作为一个Snakemake通配符来访问，但是你不会在规则的输出中使用它作为通配符。

假设{wildcards.chr}有效，并且{SAMTOOLS}调用是唯一未找到的通配符（不仅是第一个未知的通配符），我认为您应该尝试两种方法之一。

没有预分配：

depth=subprocess.check_output(shlex.split("config['SAMTOOLS'] depth -r {wildcards.chr} {input.bam} | awk '{{sum += $3}} END {{print sum/NR}}'"),shell=True) 

访问它作为Python变量作为字符串（它是代表一个字符串的对象）：

depth=subprocess.check_output(shlex.split(SAMTOOLS + " depth -r {wildcards.chr} {input.bam} | awk '{{sum += $3}} END {{print sum/NR}}'"),shell=True) 

最后，并且由于规则至少推荐它引入的规则耦合，有许多方法可以在Snakemake中通过规则传递变量，而且您已经在使用它了，但是，我不认为这是需要的。正确的访问和设计应该是足够的。

Snakemake Tutorial FAQ: How to pass variables between rules

旁注

为了消除跨规则的通过炭深度，同时也将其保存为文件名的路径，以及分离的规则，我强烈建议转换chrDepth到命名通配符...

喜欢的东西...

rule useDepth: 
    input: 
    depth = "{individual}_{chr}_of_{chrDepth}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth" 
    output: 
    tmpVCF = "{individual}_{chr}_of{chrDepth}.vcf" 

但我不知道你是如何计算chrDepth。它让我担心你在所有这些规则之间传递它，而不仅仅依赖于良好的命名约定。它可能会不必要地耦合你的代码，导致下游的问题和开销。