作业数组脚本

Question

我想发送一个作业数组，但仍然不明白整个过程（新手，因为我）。在网站上，我发现这个：

#!/bin/bash 
#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
# The 'myprog' below is serial hence no '-pe' option needed 

#$ -t 1-1000 
# ...tell SGE that this is an array job, with "tasks" numbered from 1 
# to 1000... 

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID 

纠正我，如果我错了，数据已被索引SGE系统。但是，“.myprog”是什么意思？是一个不同的bash脚本，它有真正的任务吗？它保存在哪里以及工作如何找到脚本？

Answer 1

通常myprog只是外部程序的通用名称。在这种情况下，我会认为这是做这项工作的程序。这可能是一个bash脚本，但它可以用任何语言编写，包括C.

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID 

领先./表示程序（MYPROG）在当前目录中找到。如果您愿意，您可以用实际的目录名称替换.。

< data.$SGE_TASK_ID表示“myprog”输入流（称为stdin或“标准输入”）来自文件而不是键盘。文件名是单词“数据”。接着是变量SGE_TASK_ID的值。领先的$为我们提供了变量的价值。 *

> results.$SGE_TASK_ID是类似的，除了这是“myprog的”输出流（称为stdout，或“标准输出”）转到文件，而不是终端屏幕。

• 编辑：我在这里找到：http://www3.imperial.ac.uk/bioinfsupport/help/cluster_usage/submitting_array_jobs该变量设置在环境中。