用热图创建边栏.2

我有一个基因组数据的文件，我正在试图创建数据的热图和染色体信息的边栏。为了使热图我转换的数值从我的文件，创建一个当时我能够绘制AA数据矩阵：用热图创建边栏.2

Heatmap <- heatmap.2(DataMatrix, trace="none", col=greenred, key=T, keysize=1.5, labRow=NA, density.info="none", Colv=FALSE)

不过，我想增加一个额外的颜色边条来表示的染色体定位所述数据。特别是我想只有两种颜色，如果来自任何其他染色体的“chrX”或“黄色”，则表示为“黑色”。包含此信息的列不在我的数据矩阵中，我不确定如何将此信息包含到我的热图中。任何帮助将不胜感激！

的heatmap.2函数具有RowSideColors参数用于此目的，因为你可能从文档推断：

RowSideColors：长度（可选）字符向量“nrow（X）” 含有用于颜色名称可以用来标注'x'的行。

我也最近发现在NMF包aheatmap功能，这使得好的热图与注释行/列在您的热图任意数量。包括在该主页上，你会发现several links到heatmap examples。

2013-06-24 16:29:03

感谢您指向新的热图和包。如果没有特定任务所需的钩子，''heatmap.2''代码可能难以修改。欢迎来到湾区。 –

@SteveLianoglou - 我看到了RowSideColors选项，但不知道如何实现它到我的代码 - 将尝试NMF包，看看它是否更容易处理... – user2165857

@ user2165857：'RowSideColors'是一个向量许多元素为'x'都有行。此向量中的每个元素都是'x'对应行的颜色。 'RowSideColors'中的颜色会随着'x'的行进行混洗，因为'x'是通过聚类重新排序的。 –

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