维恩图与R?
回答
如果您需要创建4/5组的维恩图,gplots包中的维恩函数也很有用。
我使用两个自定义函数。我对venndia的实现绘制了维恩图,并返回A和B(和C)之间的重叠列表。请参阅下面的代码。
有了这些,你可以
vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)
这都将剧情和返回数据。您可以关闭返回数据
venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])
因为getdata默认为FALSE。 /丹尼尔
circle <- function(x, y, r, ...) {
ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
xx <- x + r * cos(ang)
yy <- y + r * sin(ang)
polygon(xx, yy, ...)
}
venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
cMissing <- missing(C)
if(cMissing){ C <- c() }
unionAB <- union(A, B)
unionAC <- union(A, C)
unionBC <- union(B, C)
uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))
nA <- length(uniqueA)
nB <- length(uniqueB)
nC <- length(uniqueC)
nAB <- length(intersAB)
nAC <- length(intersAC)
nBC <- length(intersBC)
nABC <- length(intersABC)
par(mar=c(2, 2, 0, 0))
plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)
text(x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90")
text(
x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5),
y=c(7, 7, 2 , 7 , 4, 4, 5),
c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC),
cex=2
)
if(getdata){
list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC,
AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC ,
ABC=intersABC
)
}
}
有Vennerable package on R-forge。
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
这都很晚,但它可能为他人寻找答案有用: VennDiagram,在CRAN here。
它允许多套(venn四套,Euler图三套),可自定义的颜色和字体,简单的语法,并且所有圆的最大尺寸与数据集的大小成正比(至少当比较2个数据集时)。要安装:
install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)
对于使用Bioconductor的包,并与基因组坐标的工作,最近文氏图是在包ChIPpeakAnno(2.5.12版本)implemented并允许基因组坐标的交叉漂亮,例如,芯片起峰。对于早期使用者,您可能需要安装development package。
peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))
peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))
makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))
vennDiagram最多允许5组 – OganM 2015-02-04 22:33:07
我去了论文,它是'最多四组和欧拉图,最多三组。' – fridaymeetssunday 2015-02-06 06:48:15
从版本1.6.16开始,'VennDiagram'有一个函数'draw.quintuple.venn()',它为五组绘制一个维恩图。 – 2015-10-01 11:23:16
这里是参照其他的版本为3位可变数据: http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/
该代码也可在包colorfulVennPlot: http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html
请注意,您应该在此处发布答案的有用观点,或将您的帖子风险删除为[“未答复”](http://meta.stackexchange.com/q/8259)。如果您愿意,您可能仍然包含链接,但仅作为“参考”。答案应该独立,不需要链接。 – 2013-01-31 19:32:15
我会建议包文氏图: http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf
在pake 19上,你会发现10个非常好的例子(包括高级和简化的例子)。到目前为止,我还没有发现任何它无法做到的事情,我需要它做。
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嗨,我仍然在寻找一个能够绘制比例维恩图的软件包。这是我从8年前发现的最接近的东西,https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-February/029393.html。我希望这会有一个更新的发展。 – andrewj 2011-03-03 21:58:18
http://www.caleydo.org/tools/upset/ – wikiselev 2016-12-05 14:33:30