如何修改SNP值？

Question

我的数据集具有3个SNP，它看起来像下面

Id SNP1 SNP 2 SNP3 
1 AA AA AA 
2 AG AC AG 
3 GG CC GG 
4  
5 
6 So on 

在SNP1 - 我想修改值AA = 2，AG = 1，GG = 0和同样地在SNP1和SNP2

如何我可以这样做吗？

Answer 1

我会将新值置于proc format，以便您可以保留现有的值，但显示格式化的值，或使用格式转换现有的值。这是两种方法来做到这一点。

/* create format */ 
proc format; 
    value $snpfmt 'AA' = '2' 
        'AG' = '1' 
        'GG' = '0' 
; 
run; 

/* create initial dataset */ 
data have; 
input Id SNP1 $ SNP2 $ SNP3 $; 
datalines; 
1 AA AA AA 
2 AG AC AG 
3 GG CC GG 
; 

/* option1 - format the values */ 
proc datasets lib=work nodetails nolist; 
modify have; 
format snp1 snp2 snp3 $snpfmt2. ; 
quit; 

/* option2 - change the values using the format */ 
data want; 
set have; 
snp1 = put(snp1,$snpfmt2.); 
snp2 = put(snp2,$snpfmt2.); 
snp3 = put(snp3,$snpfmt2.); 
run;