比较巨大的矢量到固定数目

欲评估的v=rnorm(10^8)许多组件如何都小于或等于0.5。所以我写了这个比较巨大的矢量到固定数目

v=rnorm(10^8) 
sum(v<=0.5)

不幸的是，我得到这个消息

> v=rnorm(10^8) 
Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb 
> sum(v<=0.5) 
Error: object 'v' not found 
R(3446,0xa046b540) malloc: *** mmap(size=800002048) failed (error code=12) 
*** error: can't allocate region 
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug 
R(3446,0xa046b540) malloc: *** mmap(size=800002048) failed (error code=12) 
*** error: can't allocate region 
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug

有没有办法做到这一点给我不能减少矢量V的大小？谢谢

来源

2011-05-10 mubakla

什么是我们的'memory.limit（）'？你有多少RAM？原因1GB应该足够了（'memory.limit（size = 1000）'）来创建vector，1.5GB来做'sum'。 – Marek 2011-05-10 08:17:42

看到，其中包括：this question，并从R：内存。

的问题很简单，就是你想要的向量不能被分配（您的系统上），更不用说它计算的东西。

来源

2011-05-10 07:02:20

购买更多的内存并使用64位R.

来源

2011-05-10 11:29:31 hadley

因为您是通过依次随机数序列，则可以打破矢量成块，如：

> set.seed(1) 
> rnorm(10) 
[1] -0.6264538 0.1836433 -0.8356286 1.5952808 0.3295078 -0.8204684 
[7] 0.4874291 0.7383247 0.5757814 -0.3053884 
> set.seed(1) 
> rnorm(5) 
[1] -0.6264538 0.1836433 -0.8356286 1.5952808 0.3295078 
> rnorm(5) 
[1] -0.8204684 0.4874291 0.7383247 0.5757814 -0.3053884

所以：

ans <- 0 
for (i in 1:10){ 
    x <- rnorm(10^7) 
    ans <- ans + sum(x<=0.5) 
    }

在每次循环迭代较小x结束应该被删除，所以你只需要围绕76 MB的内存。

有关信息，我得到：

> ans 
[1] 69142375

与之相比：

> pnorm(0.5) 
[1] 0.6914625

来源

2011-05-10 12:22:45 James

+1我正在考虑_exact_相同的东西...... – 2011-05-10 12:56:36

您没有提供有关任何你的操作系统或您的R版本或数量等运行任务的详细信息程式。您不应该得到多行malloc错误报告，并提供关于在哪里设置与任何当前R版本的断点的说明。因此，您可能有R的过期版本，并且应该考虑在当前情况下获得最新版本。当你没有足够的内存为你做，当你无法创建v你应该得到一个单行消息。这需要连续的内存来保存10^8个元素，这将涉及大约8 * 10^8个字节，并且高位可能是0.9 GB。

尝试重新启动操作系统，不加载任何其他程序。在不加载任何保存的工作区的情况下开始一个新的R会话。一般来说，你需要至少两倍于你的大对象的内存，所以我会建议（如果在Windows上）尝试（memory.limit（size = 2000））。然后重复你的测试。

来源

2011-05-10 12:26:39

比较巨大的矢量到固定数目

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