基于富集的着色散点图R

我对R非常陌生，并试图搜索周围的问题的答案，但无法找到我正在寻找的东西（或者我无法找到包括正确的关键字！）。我认为这在R中是一个相当普遍的任务，但我很新。基于富集的着色散点图R

我有一个x vs y散点图，我想给那些至少有2倍浓缩点的点着色，即x/y> = 2。由于我的值表示为log2值，因此转换后的值需要为x/y> = 4。

我目前拥有的散点图绘制与

plot(log2(counts[,40], log2(counts[,41))

其中计数是一个.csv导入的文件和40 & 41是我的兴趣列。

我也创建了一列使用

counts$fold<-counts[,41]/counts[,40]

我不知道如何将这些两条信息倍数变化......最后，我想，看起来像这里的示例图：http://s17.postimg.org/s3k1w8r7j/error_messsage_1.png 其中至少两倍富集的点将以蓝色着色。

任何帮助将不胜感激。谢谢！

来源

2014-09-24 moxed

对于未来的参考，你就更有可能得到帮助多数民众赞成直接针对您的问题，如果你提供一个[重复的例子（http://stackoverflow.com/问题/ 5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example），特别是你的数据样本，你迄今试过的代码以及你试图实现的结果。 – eipi10 2014-09-24 21:51:49

这是你在找什么：

# Fake data 
dat = data.frame(x=runif(100,0,50), y = rnorm(100, 10, 2)) 

plot(dat$x, dat$y, col=ifelse(dat$x/dat$y > 4, "blue", "red"), pch=16)

的ifelse语句创建的载体“蓝色”和“红色”（或任何颜色你想要的）基础上的dat$x/dat$y和plot用途值为点着色。

This might be helpful如果您从未使用R中的颜色。

enter image description here

另一种选择是使用ggplot2代替基地图形。这里有一个例子：

library(ggplot2) 
ggplot(dat, aes(x,y, colour=cut(x/y, breaks=c(-1000,4,1000), 
           labels=c("<=4",">4")))) + 
    geom_point(size=5) + 
    labs(colour="x/y")

enter image description here

来源

2014-09-24 21:43:36 eipi10

基于富集的着色散点图R

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