正则表达式查找和替换：bash的变量内的sed

我想删除该序列存在时在该行的开头：正则表达式查找和替换：bash的变量内的sed

ATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG跟随有至少3个所述的字符。

应删除序列和多个A，并保留文件的其余部分。

我输入文件看起来像这样：

@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:18115:1962 1:N:0:2 
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACATTTTCTTTCTTACTTCGTTCACTTTCCACTTCTTTCTCCCTATCTTCCCCCTTCTGTCTGCCCCAGCTGTCTATCCCACTTATTGTCTCCCCCCACTGCCCCACACTCCTACCTTCTTCATCTTCACCTAACACCTCCCGCTCCCTCCTTATCGTCTCTTATCCTTTCCTTGTTCC 
+ 
????????DDDDDDDDGGGGGGHHIIIIHHHIIIIFHIIIH/CGFHHIIIIHEDHHIIIIHI=5EEGFEHHEC+5,,[email protected],@,,....--..+77,,.6..6.....7.4..7.76=..-5.>.4-)134-.5....-3*))0***1*********10*0**01*1*)''..0***.)0'))*****00*11******01***0****0*)**0)'''...*0)0*11********1****1*0******** 
@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:19888:2900 1:N:0:2 
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACACAAATACCGTTCCAATATCTTTTTGTTTCATGTCTAATAAC 
+ 
<<??????BB?BBBBBCAFFFCFHF;>EFCDFGFFHFBGHCA=FHA>EFGEE7CF>F?FFHB=?EEGF>>DH5<)++,++,4,,4+=:,,,,5,,,,,,,,),33?,3,3,3,,,,33

我试图用脚本replace.sh它看起来像这样

file=$1; 
adapter_sequence=$2; 
sed -r "s/${adapter_sequence}A{3}//" $file

命令行：

./replace .sh file.fastq GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG

它二d不工作。任何脚本语言的帮助将不胜感激。

来源

2013-10-16 Perlnika

我相信你有$1,$2倒过来。有这样的：

adapter_sequence=$2 
sed "s/$adapter_sequence//" $1

在理想情况下，我想删除所有接头序列开始在一行的开头，然后至少三个A 字母，

试试这个sed：

sed -r "s/^${adapter_sequence}A{3,}//" file

来源

2013-10-16 19:35:50 anubhava

我编辑了这个问题，使它更具可读性，对于混淆感到抱歉， – Perlnika

我编辑了答案你的编辑。 – anubhava

正则表达式查找和替换：bash的变量内的sed

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