Python子流程 - 变量类型？

我正在使用一些python代码，它使用一些只能从我的Unix终端访问的程序（Windows 7操作系统，使用腻子终端）我已经看过无数的文章，我知道类似的问题已被问到，但没有任何工作我。Python子流程 - 变量类型？

这是代码

#written in Py 2.7 

from subprocess import call 

subject = open ('test_file1', 'r') 
target =open ('test_file2', 'r') 
output = open ('output_test.bla8', 'w') 
call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', '-minIdentity=0', '-out=blast8', subject, target, output]) 
subject.close() 
target.close() 
output.close()

我收到的错误是这样的：

TypeError: execv() arg 2 must contain only strings

所以稍微解释一下，“BLAT”是我调用程序，所有的-flags是我想传递给blat程序的参数和最后三个语句也是我需要编程的参数，但他们实际上指定了程序读取/写入的文件。

有没有办法将参数值传递给shell命令，如果没有使用'subprocess.call'，它们实际上是文件？当然，有一种简单的方法可以实现这一点，就像我初学者一样，我只是不知道。顺便说一下，我已经看过子流程文档，但作为新手我还是不太明白http://docs.python.org/2/library/subprocess.html#subprocess.call

谢谢！

来源

2014-02-14 JayB

是'blat'意味着接受文件名或手柄？我敢打赌，问题在于你正在将命令组件列表中的文件对象传递给'call'，它只需要字符串。你在寻找'stdin'和'stdout' kwargs吗？ –

是的，你的直觉是正确的。调用函数只会使用字符串。我不认为有可能做我想做的事情。我通过创建一个我需要的输入文件列表来解决问题，然后用索引查找（code is below as a new answer）将它们提供给call（）。谢谢，西拉斯！ – JayB

当你这样做：

f = open('file','r')

您的Python过程中打开该文件，并存储在F中的文件句柄/对象。这个打开的文件句柄/对象不能放在命令行上（你不能输入），所以你从call得到一个错误，它包含命令行参数。

如果您的'blat'程序需要文件名并在其自己的进程中打开该文件，您应该删除open调用，并直接将文件名放入call调用中。如果这不是什么瑕疵，那么你需要了解它是如何获取数据并以此形式传递的。

来源

2014-02-14 21:10:07 bj0

你的问题给了我我需要的灵感。你是正确的，blat可以通过自己的进程打开文件。然而，我需要使用可变参数，而不是对文件句柄进行硬编码，因为最终我想构建一个循环，以便在许多文件上运行这个小程序。我使用你的建议解决了这个问题 - 代码如下。它非常简单，为什么我之前没有想到它？谢谢彼得！ – JayB

我解决了使用此代码这个问题：

new_list= [] 
for file in os.listdir('.'): 
    if fnmatch.fnmatch(file, '*.fa'): 
    new_list.append(file) 

input_file1 = new_list[0] 
input_file2 = new_list[1] 
blat =call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', 'minIdentity=0', '-out=blast8', input_file1 , input_file1, 'output_test'])

来源

2014-02-18 22:41:46 JayB

Python子流程 - 变量类型？

回答

相关问题