错误加载共享库

您好我的全部生物信息学的学生和工作GROMACS，而对于模拟准备，我收到此错误错误加载共享库

[根@计算-0-3斌]＃ pdb2gmx -f模型317.pdb - 水SPCE

pdb2gmx：错误而载入共享库：libmpi.so.0：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录**

如何解决这个问题？

来源

2013-09-27 user2595474

您必须首先找出用于构建GROMACS可执行文件的MPI实现。它可以是Open MPI，MPICH，MVAPICH，Intel MPI等。然后，您必须确保库已安装在节点上。（谁给了你一个计算节点的root权限？！） –

你必须设置你可以查看更多MPI - error loading shared libraries

感谢&关于LD_LIBRARY_PATH，
阿洛克Thaker

来源

2013-09-27 11:47:12

我认为它是有用使用strace -eopen COMMAND看到哪些文件实际上是搜索，和打开哪些返回码给每个人。例如：

$ strace -eopen echo foo 
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
foo

使用这个技巧来验证它是否只是设置错误的路径。

另外libmpi.so.0可能没有正确安装。您可能有文件libmpi.so.0.1.2.3，并且您需要运行ldconfig或手动创建从libmpi.so.0到libmpi.so.0.1.2.3的符号链接。查看更多关于为什么共享库可能会在此处附加不同编号的问题：http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html

来源

2013-09-27 11:57:35

'ldd -r COMMAND'几乎是一样的，只是它没有显示'dlopen（）'-ed库。 –

是的。但是，当库缺失时'ldd'不是很有用，因为它不告诉你已经尝试过哪些路径。 –

错误加载共享库

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