如何通过点值而不是R点密度来平滑三元图？

Question

我使用R的ggtern软件包来创建一个可爱的三元图，它显示了我用仿真模型生成的一些数据。我会在这篇文章中附上一个情节，告诉你情节是怎样的，但是我没有足够的声望去做这件事。相反，我会粘贴下面的代码，可以复制我的情节的所有基本功能。作为一个免责声明，我对ggplot图形非常新，所以我确信我的代码很混乱。我的问题很简单（我认为） - 我如何修改我的代码以平滑“水果集”（make1df$Value）的值，从而揭示数据中的整体模式/趋势？我甚至想到即使加权平均值也很简单，所有邻近点甚至可以满足要求。到目前为止，我只能弄清楚如何平滑点的密度而不是与这些点相关的值（使用像stat_smooth2d()之类的函数）。

请记住，我在下面提供的是“假数据”这不是我如何生成我实际打算绘制的数据。下面使用的compositions函数在partitions包中。

代码：

library(plyr) # for rename 
library(ggtern) # for ggtern 
library(partitions) # for compositions 
make1 = as.matrix(compositions(50, 3, include.zero=TRUE)) 
make1 = t(make1) 
make1df = as.data.frame(make1) 
make1df = rename(make1df, c("V1"="H", "V2"="B", "V3"="S")) 
seq1 = seq(from=0.24, to=0.41, length=1326) 
make1df$Value = rep(0, 1326) 
for (i in 1:1326) { 
    make1df$Value[i] = seq1[i] + rnorm(1, 0, 0.03) 
} 

ggtern(make1df, aes(H, B, S)) + 
    geom_point(aes(colour=make1df$Value), size=4.5) + 
    scale_colour_gradient(low = "pink", high = "darkblue") + 
    theme_bw() + 
    theme(axis.tern.text=element_text(size=24), 
     axis.tern.showtitles=FALSE, 
     axis.tern.arrow.text=element_text(size=22), 
     axis.tern.arrow=element_line(size=1.5, color="black"), 
     axis.tern.vshift=unit(3, "line"), 
     legend.title = element_text(size=24), 
     legend.text = element_text(size = 24), 
     legend.key.size = unit(3.5, "lines")) + 
    labs(x = "% HONEY BEES",y = "% BUMBLE BEES", z = "% SMALL BEES", 
     colour="MEAN \nFRUIT SET") 

Answer 1

我相信你将不得不计算出你的加权平均ggtern通话以外的第一。

你将不得不适当地计算你的平均值。 在这里，我只是假设（可能是不正确的，三元坐标做我的头！）：

• 的(h, s, b)邻居们都(h, s +-1, b -+1)，(h +-1, s -+1, b)和(h +-1, s, b -+1)（其中+-和-+是相反的顺序，因此，如果它的s+1那么它必须是b-1，这样的坐标都加相同的恒定。
• 您make1df只中有有效的三元坐标（即H+S+B是恒定的所有坐标）
• 加权平均值被接收在(h, s, b)加上其先前定义的邻居。
• 请注意，如果您(h, s, b)值是连续的（例如像(.5, .5, 49)事情都是可能的），“邻家”以前定义是(h, s, b)

“距离1内的”所有点让我再次证明三元坐标做提我的头，因此您可能需要相应地调整上面的定义。

因此，首先添加一列wAvg我们在哪里查找每个坐标的邻居并计算平均值Value。 abs(H-h) <= 1等是找到(h,s,b)的距离1内的坐标的技巧/速记。 Value[...]获取那些邻居的Values，mean计算平均值。 mapply只是确保我们为每一行都做到这一点。我在这里使用mutate的唯一原因是为了节省很多make1df$。

# calculate avg 
make1df <- mutate(make1df, wAvg=mapply(function (h, b, s) { 
    # includes (h,b,s) & its neighbours 
    mean(Value[abs(H-h)<= 1 & abs(S-s) <= 1 & abs(B-b) <= 1]) 
}, H, B, S)) 

然后你做你的情节，与wAvg为您colour而非Value。 （注意：你可以做aes(colour=wAvg)而非aes(colour=make1df$wAvg)）：

ggtern(make1df, aes(H, B, S)) + 
    geom_point(aes(colour=wAvg), size=4.5) + 
    scale_colour_gradient(low = "pink", high = "darkblue") + 
    theme_bw() + 
    theme(axis.tern.text=element_text(size=24), 
     axis.tern.showtitles=FALSE, 
     axis.tern.arrow.text=element_text(size=22), 
     axis.tern.arrow=element_line(size=1.5, color="black"), 
     axis.tern.vshift=unit(3, "line"), 
     legend.title = element_text(size=24), 
     legend.text = element_text(size = 24), 
     legend.key.size = unit(3.5, "lines")) + 
    labs(x = "% HONEY BEES",y = "% BUMBLE BEES", z = "% SMALL BEES", 
     colour="MEAN \nFRUIT SET") 

如果你想增加“街坊”半径你只需改变1到新的半径。