查找文件python中字符串的完全匹配数

我有一个关于如何查找字符串文件（特别是FASTA文件）中字符串（特别是DNA序列）完全匹配数的问题。我想要做的就像命令行中的“grep -c”字符串“file_of_strings.fasta”。我的代码如下：查找文件python中字符串的完全匹配数

count = 0 
for line in open("sequences.fasta"): 
    if sequence in line: 
     count += 1

这似乎并不被计算在我的文件中的特定字符串的实例的数量，我不知道是什么原因。任何帮助将非常感激！

那么，这么一个FASTA文件的格式为：

>SEQUENCE_1 
MTEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLGKAAKKADRLAAEG 
LVSVKVSDDFTIAAMRPSYLSYEDLDMTFVENEYKALVAELEKENEERRRLKDPNKPEHK 
IPQFASRKQLSDAILKEAEEKIKEELKAQGKPEKIWDNIIPGKMNSFIADNSQLDSKLTL 
MGQFYVMDDKKTVEQVIAEKEKEFGGKIKIVEFICFEVGEGLEKKTEDFAAEVAAQL 
>SEQUENCE_2 
SATVSEINSETDFVAKNDQFIALTKDTTAHIQSNSLQSVEELHSSTINGVKFEEYLKSQI 
ATIGENLVVRRFATLKAGANGVVNGYIHTNGRVGVVIAAACDSAEVASKSRDLLRQICMH

来源

2014-10-08 user439463

嗯似乎是正确的名单。你是不是在找子吧？ – brunsgaard 2014-10-08 04:00:12

你是否假设每行只有一次发生？ – User 2014-10-08 04:03:37

with open('file') as f: 
    print(f.read().count(sequence))

来源

2014-10-08 04:05:18 brunsgaard

所以我可以这样做：count = f.read（）。count（sequence）？ – user439463 2014-10-08 04:23:52

是的..尝试一下;） – brunsgaard 2014-10-08 04:24:57

使用正则表达式（如果你不是假设每行一个比赛，你的代码假定每行一个匹配）：

import re 
f = open("sequences.fasta") 
print len(re.findall(sequence, f.read())) 
f.close()

阅读文件作为字符串
外观使用re.findall WH比赛ICH将返回一个包含匹配
从步骤计算列表的长度2

来源

2014-10-08 04:20:38 user3

查找文件python中字符串的完全匹配数

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