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当我使用这个命令的Plink:为什么Hardy-Weinberg测试在GenABEL和Plink中有所不同?
Plink --file filename --hardy
将创建一个与每个标记不同的p值的新文件filename.hwe,而相形之下,在GenABEL
:
library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact
为什么我收到其他p值为相同的标记?
如果您向我们提供一些样本数据,那么它将非常有用,然后准确显示两者之间结果的差异。还要在'R'代码的顶部放置一个'library()'语句,以便我们知道您使用的是哪些软件包,我们可以将其剪切并粘贴到我们的浏览器中。 – nograpes 2013-04-11 17:28:01