我想从python运行R脚本，并将输出捕获到.Rout类型文件中。 R脚本采用命令行参数。我正在努力......最小的工作示例如下。从python运行脚本时的R输出

ř脚本：

job_reference <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
arg1 <- job_reference[1] 
arg2 <- job_reference[2] 
arg3 <- job_reference[3] 
arg4 <- job_reference[4] 
print("***") 
print(paste(arg1, arg2, arg3, arg4)) 
print("***")

Python脚本：

import subprocess 
arg1 = 'a' 
arg2 = 'b' 
arg3 = 'c' 
arg4 = 'd' 
subprocess.call(["/usr/bin/Rscript", "--no-save", "--no-restore", "--verbose", "print_letters.R", arg1, arg2, arg3, arg4, ">", "outputFile.Rout", "2>&1"])

在Python脚本中的最后一行是经由this stackoverflow link。

如果我运行python脚本，“outputFile.Rout”是而不是产生的。然而，蟒输出包括：

running 
'/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=print_letters.R --args a b c d > outputFile.Rout'

和当我运行，从而不涉及蟒命令行输出文件是产生。请注意，我已经尝试指定完整路径来输出文件等。

任何人都可以解释我）这里发生了什么; ii）我如何通过R脚本接受命令行参数和来生成Rout类型文件，从而使用python运行R脚本？

在此先感谢。

来源

2015-08-30 Jonathan Burley

我）这里发生了什么

的Rscript叫你抓着使用称为I/O重定向外壳功能。特别是，该命令的末尾> outputFile.Rout 2>&1是一个特殊的shell特征，这意味着大致将命令的所有输出重定向到文件“outputFile.Rout”，并将标准错误重定向到标准输出，因此它最终以文件以及。

从subprocess docs，

shell=False禁止所有基于Shell功能

换句话说

，为subprocess.call()默认是不使用shell中运行的命令，这样你就不会得到访问基于shell的功能。相反，例如'>'和'outputFile.Rout'直接作为参数传递给R，就像a一样。

ii）与输出运行R.脚本重定向

虽然有几种方法去这个问题，如使用os.system()或通过shell=True到subprocess.call()和传递命令字符串，推荐的方法就是使用机器在subprocess做相当于I/O重定向：

with open('outputFile.Rout','w') as fileobj: 
    subprocess.call(["/usr/bin/Rscript", "--no-save", "--no-restore", 
        "--verbose", "print_letters.R", 
        arg1, arg2, arg3, arg4], 
        stdout=fileobj, stderr=subprocess.STDOUT)

来源

2015-08-30 09:49:06 lemonhead

从python运行脚本时的R输出

回答

我）这里发生了什么

ii）与输出运行R.脚本重定向

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