Python脚本在bash中工作，但不通过系统从R调用

我使用Ubuntu 16.04。我试图从R运行一个简单的Python脚本。脚本是Python脚本在bash中工作，但不通过系统从R调用

import numpy as np 
    x=1 
    print(x)

并写入一个名为code.py的文件中。如果我通过

python3.5 code.py

调用它在bash然而，当我通过

system("python3.5 code.py",intern=TRUE)

称之为R中我得到一个消息，指出numpy的没有被发现，它工作正常。任何想法为什么有这种差异，我怎么能解决这个问题？

谢谢！

UPDATE

如果我运行

 import sys 
    print(sys.path)

一个文件，我得到

 [1] "['/home/user/Desktop', '/usr/lib/python35.zip', '/usr/lib/python3.5', '/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu', '/usr/lib/python3.5/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.5/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']"

如果我运行从R上的文件，并

['/home/user/Desktop', '/home/user/anaconda3/lib/python35.zip', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/plat-linux', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/lib-dynload', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/Sphinx-1.4.1-py3.5.egg', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/setuptools-23.0.0-py3.5.egg']

如果我从命令行运行该文件。

来源

2016-09-06 madness

将此添加到您的程序中，并查看它是否根据上下文产生不同的输出：'import sys print（sys.path）' – RPGillespie

它表示Traceback（最近调用最后一次）：文件“test.py”，第4行，在中 import numpy as np ImportError：No module named'numpy' [1]“['/ home/user/Desktop'，'/usr/lib/python35.zip'，'/ usr/lib /python3.5'，'/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu'，'/usr/lib/python3.5/lib-dynload'，'/ usr/local/lib/python3。 5/dist-packages'，'/ usr/lib/python3/dist-packages'] attr状态1 – madness

用这两行创建一个新的python文件。在R和命令行中运行并比较输出。 – RPGillespie

问题是你的计算机上有两个版本的python3：系统默认（Ubuntu，我假设）和你安装的（Anaconda3）。

当您从命令行运行它时，您正在使用Anaconda3环境（其中包括numpy和所有其他anaconda模块）。当你从R运行它时，它不知道使用Anaconda环境，所以它只是使用默认的Python路径（不包括numpy）。

为了解决这个问题，利用水蟒蟒调用你的python脚本在R，而不是系统中的一个：

system("/home/user/anaconda3/bin/python3 code.py",intern=TRUE)

或者，你可以在~/.bashrc添加/home/user/anaconda3/bin/您PATH环境变量，它选择系统二进制文件中的anaconda。

来源

2016-09-08 15:47:12 RPGillespie

谢谢！我使用过系统（“/ home/user/anaconda3/bin/python3 code.py”，intern = TRUE），它起作用！ – madness

Python脚本在bash中工作，但不通过系统从R调用

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