rJava，mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）问题

我继续在安装和加载rJava时遇到问题。我有R 3.4.1（'Single Candle'）; Java v 9和mac OS 10.12.6。rJava，mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）问题

我跟所有的使用终端来编辑我的〜/ .profile文件包含其中包括上市here步骤：

出口JAVA_HOME = $（在/ usr/libexec目录/ JAVA_HOME -v 9）

出口PATH = $ JAVA_HOME/bin：$ PATH

并进行其他更改以将R连接到“正确的”Java。当我运行

须藤 - [R CMD javareconf

然而，我得到说的错误消息：

警告： 'JNI_CreateJavaVM' 被弃用 [-Wdeprecated-声明] JNI_CreateJavaVM（0，0， 0）; ^ /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h:1937:1：注： 'JNI_CreateJavaVM' 已经被明确标记在这里不推荐 JNI_CreateJavaVM（JavaVM的** PVM，无效** penv，无效*参数）; ^ 1生成警告。

当我运行

[R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz

一切顺利，直到我得到一个错误，指出：

检查JNI程序是否可以被编译... configure：error：无法编译简单的JNI程序。有关详细信息，请参阅config.log。

确保已安装Java开发工具包并在R中正确注册。如果有疑问，请以root身份重新运行“R CMD javareconf”。

错误：配置从上面链接网站失败包“rJava”

米哈尔好心建议，以确保“的/ usr/libexec目录/ JAVA_HOME -v 9”“点”，以JDK和JRE没有。我不知道如何做到这一点。此外，当我尝试类似：

回声$ JAVA_HOME

我得到：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我怎么知道这个JDK还是JRE？

由于我的错误消息，我认为我有一个JNI问题，但我不知道如何去处理这个问题。任何有关使用Michal的教程可能出错的任何见解都将不胜感激！

P.S.我原来的问题是在R，试图加载库（rJava），并得到这个错误：

错误：包或命名空间加载失败“rJava”： .onLoad在loadNamespace（）为“rJava”失败，详细信息：电话：dyn。load（file，DLLpath = DLLpath，...）错误：无法加载共享对象'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so'： dlopen /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so，6）：未加载库：@ rpath/libjvm.dylib 引用自：/Library/Frameworks/R.framework /Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so 原因：找不到图像

来源

2017-09-25 Kate

您可以执行以下操作来测试您的Java 9是否为JDK。做以下：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git 
> cd jnicookbook/recipeNo001 
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9) 
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH 
> make 
> make test

如果你看到

Hello world!

末，这意味着你的JDK可以编译JNI代码。现在，如果它正常工作，这意味着rJava仍在使用不正确的Java安装（例如Apple的一个安装）。在这种情况下，您需要查看rJava的错误日志，以确定在那里使用了什么。

我希望这会帮助你至少一点点。

来源

2017-10-02 07:14:53 mko

非常感谢，我非常感谢！当我跑这个，我得到这个错误：/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home/bin/java -Djava.library.path =：./ lib -cp目标recipeNo001.HelloWorld 错误：无法找到或加载主类recipeNo001.HelloWorld 引起：java.lang.ClassNotFoundException：recipeNo001.HelloWorld make：*** [test]错误1 - 对这意味着什么的建议？ Oo – Kate

确保在运行“make test”之前调用：“make” - 我错过了将这一步放在说明中:( – mko

我有同样的问题。用@mko消解，我检查了JDK是否可以编译JNI代码，但是现在的问题是如何让rJava使用正确的Java安装？ –

rJava，mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）问题

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