pheatmap集群注释

Question

我想显示基于k-means的聚类算法的结果为pheatmap。对于这一点，我在这里使用建议的程序：R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想补充一个配色方案，突出集群，类似“RowSideColors” -option东西heatmap和heatmap.2。至于pheatmap，我发现只有annotation选项，但这是工作在列而不是rowwise。有没有办法突出显示pheatmap中的行簇？

我的另一个想法是将cluster-column作为单独的颜色添加到热图中。但是，我需要使用另一种配色方案而不是其他热图，因此我不确定是否可能。

Answer 1

现在有在pheatmap包的annotation_row参数：

library(pheatmap) 

# define a matrix 
test = matrix(rnorm(200), 20, 10) 
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "") 
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "") 

# annotate rows 
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6)))) 
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "") 

# plot pheatmap 
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row) 

Answer 2

那么，你可以直接使用heatmap或heatmap.2，因为pheatmap没有这个参数。其实，我有类似的任务。