比较三个文本文件

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我需要比较以下三个文本文件。我有一个Perl脚本来比较两个文件，我如何修改下面的脚本来比较三个示例文本文件。比较三个文本文件

文件1： AT4G01510.1 1 6993 7241 AT1G01020.2 1 7320 8668 AT1G01050.1 1 31388 32672 AT1G01060.1 1 33997 36923 AT1G01070.1 1 38904 40879

文件2： AT2G40310.1 1 16223981 16225810 AT1G02980.1 1 16232948 16236108 AT1G50180.1 1 16271231 16272957 AT1G43722.1 1 16355439 16355906 AT3G32904.1 1 16357277 16358327 AT2G34120.1 1 16457818 16457919 AT2G34110.1 1 16459685 16459879 AT5G36228.1 1 16472204 16473265 AT3G30520.1 1 16494448 16496240

文件3

AT1G01010.1 1 3760 5627 AT1G01020.1 1 6918 7232 AT1G01020.1 1 8236 8666 AT1G01030.1 1 11867 12940 AT1G01040.1 1 23519 30817 AT1G01050.1 1 31385 32670 AT1G01060.1 1 33995 35993 AT1G01060.1 1 36811 36921 AT1G01070.1 1 38901 40877 AT1G01090.1 1 47708 49166 的Perl脚本用于比较两个文件：

#!/usr/bin/perl -w 

use strict; 
use Getopt::Std; 
use vars qw ($opt_s $opt_t); 
getopts ('s:t:'); 


if(! $opt_s || !$opt_t){ 
    print "Usage: $0\n"; 
    print "-s file1 converted output file \n"; 
    print "-t file2 converted output file \n"; 
    exit; 
} 

my $tablefile1 = $opt_s; 
my $tablefile2 = $opt_t; 


if(!$tablefile1){ 
    die "Invalid data file name $tablefile1.\n"; 
} 
if(!$tablefile2){ 
    die "Invalid data file name $tablefile2.\n"; 
} 

open(IN,$tablefile1) || die "Can't open $tablefile1..exiting.\n"; 

my %hash =(); 
my @coord_arr =(); 
my @chrs =(); 
while(<IN>){ 
chomp; 
next if (/^\s*$/); 
my @cols = split(/\t/, $_); 

     my $id = $cols[0]; 

     my $chr = $cols[1]; 
     my $s = $cols[2]; 
     my $e = $cols[3]; 

    if (exists($hash{$chr})) { 
     my $str = $hash{$chr}; 
     $hash{$chr} = "$str/$id:$s:$e"; 
    } else { 
     $hash{$chr} = "$id:$s:$e"; 
    } 

} 
close IN; 

open(IN,$tablefile2) || die "Can't open $tablefile2..exiting.\n"; 
my $found = 0; 
print "Chr\tfile1-ID\tStart\tEnd\tfile2-ID\tStart\tEnd\tStart diff\tEnd diff\n"; 
while(<IN>){ 
chomp; 
next if (/^\s*$/); 
my @cols = split(/\t/, $_); 

     my $id = $cols[0]; 

     my $chr = $cols[1]; 
     my $s = $cols[2]; 
     my $e = $cols[3]; 

     my $info_str = $hash{$chr}; 
     next if (!$info_str); 

     my @pseudos = split(/\//, $info_str); 

     for (my $i = 0; $i < @pseudos; $i++) { 
     my ($id1, $s1, $e1) = split(/:/, $pseudos[$i]); 

     if (&is_overlap($s, $e, $s1, $e1)) { 
      print "$chr\t$id\t$s\t$e\t$id1\t$s1\t$e1\t"; 
      my $d1 = $s1-$s; 
      my $d2 = $e1-$e; 
      print "$d1\t$d2\n"; 
     } 
     } 
} 

close IN; 

sub is_overlap { 
    my ($s, $e, $s1, $e1) = @_; 

    my $found = 0; 

    if ($s >= $s1 && $s < $e1 || 
     $s1 >= $s && $s1 < $e || 
     $s1 >= $s && $e1 <= $e || 
     $s1 <= $s && $e1 >= $e) { 
     $found = 1; 
    } 

    return $found; 
}

来源

2015-09-20 Manoj Kumar

这将有助于解释你需要比较什么。 –

我想你应该提到你期望从比较中得到什么样的输出。如果不知道这一点，很难提供解决方案。不过我会提供一个通用的解决方案。

你可以做什么它比较文件单独。像比较1和2;然后是1和3，然后是2和3.这将根据每次比较给出三种不同的输出。我相信你会需要所有各种比较输出，因为这是独特的数据。但是，如果您需要合并数据，那么你需要添加更多的代码，你可以操纵这些数据。

即使您决定比较一个函数中的所有内容，那么操作次数也会相同。您需要为每个文件的每一行分别进行比较。更好地重复使用此代码分别进行比较

来源

2015-09-21 13:26:45 Sharad

我已经比较了1到2,1到3和2到3，但最后我需要知道所有三个之间的所有常见结果。 –

我改进了我的输入文件。作为输出，我关心的是列[1]，[2]，[3]，输出文件应该包含列的重叠数[2]，[3]，如上面脚本中提到的两个文件比较.... –

能否详细说明多一点，因为我无法达到最终目标。你想要重叠文件1，2和3;你想要更多东西。如果你只想要3个文件的重叠，那么你可以比较1和2;然后从类似于您的输入文件的比较中生成并输出文件。最后将它与文件3进行比较。这应该给你重叠 – Sharad

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