操纵Data.Frames

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我有两列不同的data.frame对象。这些data.frame对象称为Experiment1，Experiment2，Experiment3 ...实验{N}操纵Data.Frames

> Experiment1 Name Statistic 1 a -1.050 2 b 0.058 3 c 0.489 4 d 1.153 5 e 0.736 6 f -1.155 7 g 0.186

> Experiment2 Name Statistic 1 a 0.266 2 b 0.067 3 c -0.385 4 d 0.068 5 e 1.563 6 f 0.745 7 g 1.671

> Experiment3 Name Statistic 1 a 0.004 2 b -2.074 3 c 0.746 4 d 0.207 5 e 0.700 6 f 0.158 7 g 0.067

> Experiment4 Name Statistic 1 a 0.255 2 b -0.542 3 c 0.477 4 d 1.552 5 e 0.025 6 f 1.027 7 g 0.326

> Experiment5 Name Statistic 1 a 1.817 2 b 0.147 3 c 0.052 4 d 0.194 5 e -0.137 6 f 2.321 7 g -0.939

> Experiment6 Name Statistic 1 a 1.817 2 b 0.147 3 c 0.052 4 d 0.194 5 e -0.137 6 f 2.321 7 g -0.939

> ExperimentalDesign$metabolite [1] "butyrate" "h2s" "hippurate" "acetate" "propionate" "butyrate_2" [7] "h2s_2" "hippurate_2" "acetate_2" "propionate_2"

我有三列不同data.frame对象。这些data.frame对象称为Experiment1，Experiment2，Experiment3 ... Experiment {n}（其中n是NumberTubes除以NumberParameters）。我想从每个data.frame对象合并表中的$。统计列（每个输出有3个统计列）。 tab_1 < - cbind（Experiment1，Experiment2 $ Statistic，Experiment3 $ Statistic）。另外，从ExperimentalDesign $代谢物中依次取代谢物。例如Table_3会得到hippurate。

NumberRepeats < - 3（TABLE_1 =合并Experiment_1， Experiment_2 $统计，Experiment_3 $统计，TABLE_2 =合并 Experiment_4，Experiment_5 $统计，Experiment_6 $统计等）
Experiment_n < - 17（例如Experiment_1，Experiment_2等。）
skipTube < - C（11）（跳过Experiment_11）

希望的输出：

TABLE_1： Experiment1 Experiment2 Experiment3 metabolite a -1.050 0.266 0.004 butyrate b 0.058 0.067 -2.074 butyrate c 0.489 -0.385 0.746 butyrate d 1.153 0.068 0.207 butyrate e 0.736 1.563 0.700 butyrate f -1.155 0.745 0.158 butyrate g 0.186 1.671 0.067 butyrate

TABLE_2

Experiment4 Experiment5 Experiment6 metabolite a 0.255 1.817 -0.827 h2s b -0.542 0.147 0.219 h2s c 0.477 0.052 1.561 h2s d 1.552 0.194 1.493 h2s e 0.025 -0.137 0.063 h2s f 1.027 2.321 0.844 h2s g 0.326 -0.939 -0.373 h2s

受审至今：

有了这个，你在不同的数据框对象的列合并到一个表。您可以通过NumberRepeats变量来控制列的数量。所有存储在列表中的表具有相同数量的数据列，如
NumberRepeats变量除最后一个表以外...

# created test data 
for(i in 1:17){ 
    Name <- letters[1:7] 
    Statistic <- round(rnorm(7), 3) 
    assign(paste0("Experiment",i), data.frame(Name, Statistic)) 
}  

# set some parameters 
NumberRepeats <- 3 
Experiment_n <- 17 
skipTube <- c(11)

＃让从上述代码去

out <- list() 
list_index <- 1 
counter <- 1 
while(counter < Experiment_n) { 

    tab <- NULL 
    nam <- NULL 
    while((is.null(tab) || ncol(tab) < NumberRepeats) & Experiment_n >= counter){ 
    if(!any(counter == skipTube)){ 
     tab <- cbind(tab, get(paste0("Experiment", counter))$Statistic) 
     # tab <- as.data.frame(tab) 
     nam <- c(nam,paste0("Experiment", counter)) 
    } 
    counter <- counter + 1 
    } 
    colnames(tab) <- nam 
    rownames(tab) <- as.matrix(Experiment1$Name) 

    out[[list_index]] <- tab 
    assign(paste0('table_', list_index), tab) 

    list_index <- list_index + 1 
} 
out

输出：

Experiment1 Experiment2 Experiment3 a 0.136 0.260 -1.089 b 0.946 -1.165 -0.599 c -0.462 -1.445 0.044 d -1.936 -0.391 0.622 e 0.537 -0.502 1.192 f 0.259 0.096 -1.873 g 1.352 0.049 -0.644

从上面的代码所需的输出

：

Experiment1 Experiment2 Experiment3 metabolite a -1.050 0.266 0.004 butyrate b 0.058 0.067 -2.074 butyrate c 0.489 -0.385 0.746 butyrate d 1.153 0.068 0.207 butyrate e 0.736 1.563 0.700 butyrate f -1.155 0.745 0.158 butyrate g 0.186 1.671 0.067 butyrate

来源

2017-09-13 J_Throat

这是有益的，如果你可以提供一个[再现的示例]（https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example），与两个您的数据样本和代码，用于您迄今为止所尝试的内容。 – austensen

你说三列，但只显示两列，还有什么？您引用了'NumberParameters'，但从未演示过它的用法;这应该是'NumberRepeats'？我强烈建议使用[数据框列表]（https://stackoverflow.com/questions/17499013/how-do-i-make-a-list-of-data-frames/24376207#24376207）而不是访问个人带有'assign'的帧，通常更容易，更高效，更健壮。 – r2evans

我已经更新了这个问题来回答这个问题 –

像这样的东西应该工作，但这个也挺手册：

table1 = Reduce(function(x,y){cbind(x,y)}, 
list(Experiment1$Statistic,Experiment2$Statistic, 
Experiment3$Statistic,ExperimentalDesign$metabolite[1])) 

table2 = Reduce(function(x,y){cbind(x,y)}, 
list(Experiment4$Statistic,Experiment5$Statistic, 
Experiment6$Statistic,ExperimentalDesign$metabolite[2]))

编辑：一个更强大的解决方案：

首先创建一个名为ldf所有实验data.frames的列表：

ldf = list(Experiment1,Experiment2,Experiment3,...,Experimentn)

然后：

lapply(1:ceiling(length(ldf)/3), 
    function(t,l,df){ 
    if(t==ceiling(length(l)/3)){ 
     ind = ((3*t)-2):(3*t-(length(l)%%3)) 
    }else{ 
     ind = ((3*t)-2):(3*t) 
    }; 
    cbind(Reduce(function(x,y){cbind(x,y)},lapply(l[ind],'[[','Statistic')), 
    df$metabolite[t]) 
    }, 
ldf,ExperimentalDesign)

来源

2017-09-13 15:31:33 TUSHAr

@J_Throat请检查更新的解决方案。 – TUSHAr

如果您想要聚合每3个表格，此解决方案应该做你想要的。

library(reshape) 

for(i in 1:17){ 
    Name <- letters[1:7] 
    Statistic <- round(rnorm(7), 3) 
    ExperimentName <- rep(paste0("Experiment",i), 7) 
    assign(paste0("Experiment",i), data.frame(ExperimentName, Name, Statistic, stringsAsFactors = FALSE)) 
}  

# set some parameters 
NumberRepeats <- 5 
Experiment_n <- 17 
skipTube <- c(3,7,11) 

# Create dummy list for the metabolites 
metabolites <- c("met1", "met2", "met3", "met4", "met5") 

for (iteration in c(1:Experiment_n)){ 
    if (iteration %% 3 == 0){ 
    temp_df <- rbind(get(paste0("Experiment", iteration - 2)), get(paste0("Experiment", iteration - 1)), get(paste0("Experiment", iteration))) 
    print(temp_df) 
    temp_df <- melt(data = temp_df) 
    aggregates <- dcast(data = temp_df, formula = Name ~ ExperimentName, value.var = "value") 
    aggregates$metabolite <- metabolites[iteration/3] 
    print(aggregates) 
    } 
}

来源

2017-09-13 15:47:01 PejoPhylo

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